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- PDB-1l4j: Holliday Junction TCGGTACCGA with Na and Ca Binding Sites. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l4j
タイトルHolliday Junction TCGGTACCGA with Na and Ca Binding Sites.
要素5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3'
キーワードDNA / Holliday Junction
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Thorpe, J.H. / Gale, B.C. / Teixeira, S.C.M. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Conformational and Hydration Effects of Site-selective Sodium, Calcium and Strontium Ion Binding to the DNA Holliday Junction Structure d(TCGGTACCGA)4
著者: Thorpe, J.H. / Gale, B.C. / Teixeira, S.C.M. / Cardin, C.J.
履歴
登録2002年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3'
B: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3'
C: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,38610
ポリマ－12,1804
非ポリマー2066
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.067, 23.775, 73.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is composed of 4 strands

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3'


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: section of Holliday junction
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium Cacodylate, Calcium Chloride, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2Calcium Chloride11
3MPD11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
175 mMsodium cacodylate1droppH7.0
235 mM1dropCaCl2
32.5 %(v/v)1drop
41 mMprotein1drop
530 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.073 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→15 Å / Num. all: 9224 / Num. obs: 8780 / % possible obs: 97.35 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.25
反射 シェル解像度: 1.85→2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 5.45 / Num. unique all: 1913 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / 冗長度: 3 %
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.948 Å / % possible obs: 98.4 % / Num. unique obs: 1281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
XTALVIEW精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 5.12 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29726 440 4.8 %RANDOM
Rwork0.22821 ---
all0.2314 9180 --
obs0.23144 8780 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å2-0.32 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 808 6 168 982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.64131372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.323936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3480.3275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.3458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.5136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0370.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0273900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.524.51372
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.948 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.303 73
Rwork0.246 1281
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.2973 / Rfactor Rwork: 0.2282
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.614
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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