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- PDB-1l3a: Structure of the plant transcriptional regulator PBF-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l3a
タイトルStructure of the plant transcriptional regulator PBF-2
要素p24: plant transcriptional regulator PBF-2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PBF-2 / single strand DNA binding protein / plant / whirly / transcriptionnal activator / cyclic C4 symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / chloroplast / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
Whirly transcription factor / Whirly transcription factor / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein WHY1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Desveaux, D. / Allard, J. / Brisson, N. / Sygusch, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: A new family of plant transcription factors displays a novel ssDNA-binding surface.
著者: Desveaux, D. / Allard, J. / Brisson, N. / Sygusch, J.
履歴
登録2002年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p24: plant transcriptional regulator PBF-2
B: p24: plant transcriptional regulator PBF-2
C: p24: plant transcriptional regulator PBF-2
D: p24: plant transcriptional regulator PBF-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6544
ポリマ－101,6544
非ポリマー00
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area33380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.869, 89.807, 144.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
p24: plant transcriptional regulator PBF-2 / PBF-2


分子量: 25413.449 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 68-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 解説: p24: plant transcriptional regulator PBF-2 / プラスミド: pET21a / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LL85
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 8
詳細: 20 mM Tris/HCL, pH 8.0, SMALL TUBES, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: eppendorf tubes
詳細: Desveaux, D., (2002) Acta Crystallogr., Sect.D, 58, 296.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112-15 mg/mlprotein11
220 mMTris-HCl11pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月29日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.42 Å / Num. all: 41118 / Num. obs: 35350 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35 Å2
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / % possible all: 60.7
反射
*PLUS
Num. obs: 40505 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 306528 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.38 Å / % possible obs: 89.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→42.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 632595.99 / Data cutoff high rms absF: 632595.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 3575 10.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.2326 41118 --
obs0.216 35350 85.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.2979 Å2 / ksol: 0.324584 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å20 Å2
2--9.46 Å20 Å2
3----10.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5438 0 0 477 5915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 417 10.2 %
Rwork0.253 3664 -
obs-3664 60.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.2326 / Rfactor obs: 0.216 / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.228
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.301 / Rfactor Rwork: 0.253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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