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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l0r | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR Solution Structure of Nogalamycin Intercalation Between Co-Axially Stacked Hairpins | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / GAA loop / Single Strand Break / drug-DNA recognition / Nogalamycin intercalation | 機能・相同性 | NOGALAMYCIN (PROTONATED FORM) / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / restrained molecular dynamics | ![]() Williams, H.E.L. / Colgrave, M.L. / Searle, M.S. | ![]() ![]() タイトル: Drug recognition of a DNA single strand break: nogalamycin intercalation between coaxially stacked hairpins. 著者: Williams, H.E.L. / Colgrave, M.L. / Searle, M.S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 398.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 400 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4338.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS SEQUENCE WAS SYNTHESIZED BY Solid phase using phosphoramidite chemistry. | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-NGP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 100mM Na+ 10mM PO4- / pH: 6.4 / 圧: ATMOSPHERIC atm / 温度: 278 K | |||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |