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万見
- PDB-1kyj: Tumor Associated Mucin Motif from CD43 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kyj
タイトルTumor Associated Mucin Motif from CD43 protein
要素Leukosialin (CD43) fragment
キーワードglycoprotein / immune system / Leukosialin / CD43 / Mucin glycoprotein
機能・相同性2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
機能・相同性情報
手法溶液NMR / VNMR, NMRPIPE, X-PLOR, Torsion Space Simulated Annealing
データ登録者Coltart, D.M. / Williams, L.J. / Glunz, P.W. / Sames, D. / Kuduk, S.D. / Schwarz, J.B. / Chen, X.-T. / Royyuru, A.K. / Danishefsky, S.D. / Live, D.H.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Principles of Mucin Architecture: Structural Studies on Synthetic Glycopeptides Bearing Clustered Mono-, Di-, Tri-, and Hexasaccharide Glycodomains
著者: Coltart, D.M. / Royyuru, A.K. / Williams, L.J. / Glunz, P.W. / Sames, D. / Kuduk, S.D. / Schwarz, J.B. / Chen, X.T. / Danishefsky, S.J. / Live, D.H.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Probing Cell-Surface Architecture Through Synthesis: An NMR Determined Structural Motif for Tumor-Associated Mucins
著者: Live, D.H. / Williams, L.J. / Kuduk, S.D. / Schwarz, J.B. / Glunz, P.W. / Chen, X.-T. / Sames, D. / Kumar, R.A. / Danishefsky, S.J.
履歴
登録2002年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年2月20日ID: 1SIA
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukosialin (CD43) fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1674
ポリマ－5041
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)59 / 200No NOE violations greter than 0.15A, no coupling violation greater than 0.5 Hz, no angle violation greater than 5 deg.
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Leukosialin (CD43) fragment / pentapeptide fragment of sialophorin


分子量: 503.547 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal glycopentapeptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fragment of human sequence
#2: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D TOCSY NOESY
NMR実験の詳細Text: Coordinates are given only for the experimentally defined glycopeptide core residues. These are comprised of the amino acid units in the peptide and the N-acetyl-galactosamine. Coordinates for ...Text: Coordinates are given only for the experimentally defined glycopeptide core residues. These are comprised of the amino acid units in the peptide and the N-acetyl-galactosamine. Coordinates for the terminal galactose and sialic acid of each of the glycans are not included.

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試料調製

詳細内容: 10 mM glycopeptide / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 291 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Varian Inc.collection
VNMR6.1Varian Inc.データ解析
NMRPipe2.1Delaglioデータ解析
X-PLOR98Brunger/MSI精密化
精密化手法: VNMR, NMRPIPE, X-PLOR, Torsion Space Simulated Annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: refinement based on 107 NOE's 11 J coupling restraints and 3 dihedral restraints. See citation for full description.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: No NOE violations greter than 0.15A, no coupling violation greater than 0.5 Hz, no angle violation greater than 5 deg.
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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