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万見
- PDB-1ky8: Crystal Structure of the Non-phosphorylating glyceraldehyde-3-pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ky8
タイトルCrystal Structure of the Non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase
要素glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GAPN / ALDH
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD(P)-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoproteus tenax (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pohl, E. / Brunner, N. / Wilmanns, M. / Hensel, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of the Allosteric Non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from the Hyperthermophilic Archaeum Thermoproteus tenax
著者: Pohl, E. / Brunner, N. / Wilmanns, M. / Hensel, R.
履歴
登録2002年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9253
ポリマ－54,1581
非ポリマー7662
水6,954386
1
A: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,69912
ポリマ－216,6334
非ポリマー3,0668
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
Buried area26370 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area58700 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)185.200, 185.200, 132.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細The functional tetramer is generated by the crystallographic symmetry

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要素

#1: タンパク質 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / NADP+


分子量: 54158.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoproteus tenax (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O57693, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: sodium formate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
濃度: 2.0 M / 一般名: sodium formate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
1,2,3,41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B10.8469
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A20.9796
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A30.9792
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A40.9724
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年4月4日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年1月1日
MARRESEARCH3IMAGE PLATE1999年1月1日
MARRESEARCH4IMAGE PLATE1999年1月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2focusing double crystalMADMx-ray1
3focusing double crystalMADMx-ray1
4focusing double crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.84691
20.97961
30.97921
40.97241
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 52004 / Num. obs: 52004 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 53177 / % possible obs: 99.2 % / Num. measured all: 792801 / Rmerge(I) obs: 0.005
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHELXモデル構築
X-PLOR精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.242 2626 random
Rwork0.208 --
all-52004 -
obs-52004 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3772 0 49 386 4207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.48
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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