PDB-1kwe: SOLUTION STRUCTURE OF THE CENTRAL CONSERVED REGION OF HUMAN RESPI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kwe

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE CENTRAL CONSERVED REGION OF HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS ATTACHMENT GLYCOPROTEIN G

要素

MAJOR SURFACE GLYCOPROTEIN G

キーワード

VIRAL PROTEIN / cysteine nose

機能・相同性

Major surface glycoprotein G / Pneumovirus attachment glycoprotein G / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / Major surface glycoprotein G

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, restrained molecular dynamics.

データ登録者

Sugawara, M. / Czaplicki, J. / Ferrage, J. / Haeuw, J.F. / Power, U.F. / Corvaia, N. / Nguyen, T. / Beck, A. / Milon, A.

引用

ジャーナル: J.Pept.Res. / 年: 2002
タイトル: Structure-antigenicity relationship studies of the central conserved region of human respiratory syncytial virus protein G.
著者: Sugawara, M. / Czaplicki, J. / Ferrage, J. / Haeuw, J.F. / Power, U.F. / Corvaia, N. / Nguyen, T. / Beck, A. / Milton, A.

履歴

登録	2002年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月21日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kwe.cif.gz	50.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kwe.ent.gz	34 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kwe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kwdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ndm-d 1kwd-d 5efm-d 1gjg-d 6nox-d 2dx4-d 2rrs-d 1tmr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAJOR SURFACE GLYCOPROTEIN G

1.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 100	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #2	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	MAJOR SURFACE GLYCOPROTEIN G / ATTACHMENT GLYCOPROTEIN G 分子量: 1741.064 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 172-187 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthesis of the peptide was performed by a solid phase method using FMOC/tBu chemistry. 参照: UniProt: P20895
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM G4a(1-4/2-3), 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 4.6 / 圧: ambiant / 温度: 285 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Felix	98	MSI	データ解析
Discover	98	MSI	精密化
Discover	98	MSI	構造決定
XwinNMR	2.5	Bruker	解析
XwinNMR	2.5	Bruker	collection

精密化

手法: simulated annealing, restrained molecular dynamics. / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 76 NOE-derived distance restrains and 5 dihedral angle restrains.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)