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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kve | ||||||
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タイトル | KILLER TOXIN FROM HALOTOLERANT YEAST | ||||||
![]() | (SMK TOXIN) x 2 | ||||||
![]() | TOXIN / HALOTOLERANT YEAST | ||||||
機能・相同性 | ![]() toxin sequestering activity / toxin activity / killing of cells of another organism / protein-containing complex / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kashiwagi, T. / Kunishima, N. / Suzuki, C. / Tsuchiya, F. / Nikkuni, S. / Arata, Y. / Morikawa, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The novel acidophilic structure of the killer toxin from halotolerant yeast demonstrates remarkable folding similarity with a fungal killer toxin. 著者: Kashiwagi, T. / Kunishima, N. / Suzuki, C. / Tsuchiya, F. / Nikkuni, S. / Arata, Y. / Morikawa, K. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of a Novel Killer Toxin from a Halotolerant Yeast Pichia Farinosa 著者: Kunishima, N. / Kashiwagi, T. / Suzuki, C. / Nikkuni, S. / Tsuchiya, F. / Arata, Y. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.09656, -0.87326, 0.47759), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6349.229 Da / 分子数: 2 断片: CHAIN A AND C ARE RESIDUES 19 - 81 OF THE ALPHA CHAIN, CHAIN B AND D ARE RESIDUES 146 - 222 OF THE BETA CHAIN 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 7856.556 Da / 分子数: 2 断片: CHAIN A AND C ARE RESIDUES 19 - 81 OF THE ALPHA CHAIN, CHAIN B AND D ARE RESIDUES 146 - 222 OF THE BETA CHAIN 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4 詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM 25% POLYETHYLENE GLYCOL SOLUTION AT PH 4.0. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月20日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35468 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 5.23 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 185448 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 1 詳細: IDEAL BOND LENGTHS AND ANGLES USED DURING REFINEMENT: HENDRICKSON AND KONNERT FINAL RMS COORD. SHIFT 0.007 ANGSTROMS INITIAL REFINEMENTS WERE DONE WITH X-PLOR 3.1 BY BRUNGER.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |