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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kve | ||||||
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タイトル | KILLER TOXIN FROM HALOTOLERANT YEAST | ||||||
要素 | (SMK TOXIN) x 2 | ||||||
キーワード | TOXIN / HALOTOLERANT YEAST | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toxin sequestering activity / toxin activity / killing of cells of another organism / protein-containing complex / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pichia farinosa (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kashiwagi, T. / Kunishima, N. / Suzuki, C. / Tsuchiya, F. / Nikkuni, S. / Arata, Y. / Morikawa, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: The novel acidophilic structure of the killer toxin from halotolerant yeast demonstrates remarkable folding similarity with a fungal killer toxin. 著者: Kashiwagi, T. / Kunishima, N. / Suzuki, C. / Tsuchiya, F. / Nikkuni, S. / Arata, Y. / Morikawa, K. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of a Novel Killer Toxin from a Halotolerant Yeast Pichia Farinosa 著者: Kunishima, N. / Kashiwagi, T. / Suzuki, C. / Nikkuni, S. / Tsuchiya, F. / Arata, Y. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kve.cif.gz | 62.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kve.ent.gz | 50.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kve.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kve_validation.pdf.gz | 431.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kve_full_validation.pdf.gz | 431.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kve_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kve_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/1kve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/1kve | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.09656, -0.87326, 0.47759), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6349.229 Da / 分子数: 2 断片: CHAIN A AND C ARE RESIDUES 19 - 81 OF THE ALPHA CHAIN, CHAIN B AND D ARE RESIDUES 146 - 222 OF THE BETA CHAIN 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pichia farinosa (菌類) / 株: KK1 / 参照: UniProt: P19972 #2: タンパク質 | 分子量: 7856.556 Da / 分子数: 2 断片: CHAIN A AND C ARE RESIDUES 19 - 81 OF THE ALPHA CHAIN, CHAIN B AND D ARE RESIDUES 146 - 222 OF THE BETA CHAIN 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pichia farinosa (菌類) / 株: KK1 / 参照: UniProt: P19972 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4 詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM 25% POLYETHYLENE GLYCOL SOLUTION AT PH 4.0. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月20日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35468 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 5.23 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 185448 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 1 詳細: IDEAL BOND LENGTHS AND ANGLES USED DURING REFINEMENT: HENDRICKSON AND KONNERT FINAL RMS COORD. SHIFT 0.007 ANGSTROMS INITIAL REFINEMENTS WERE DONE WITH X-PLOR 3.1 BY BRUNGER.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |