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- PDB-1kvb: E. COLI RIBONUCLEASE HI D134H MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kvb
タイトルE. COLI RIBONUCLEASE HI D134H MUTANT
要素RIBONUCLEASE H
キーワードENDORIBONUCLEASE / HYDROLASE / MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HI / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kashiwagi, T. / Jeanteur, D. / Haruki, M. / Katayanagi, K. / Kanaya, S. / Morikawa, K.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1996
タイトル: Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
著者: Kashiwagi, T. / Jeanteur, D. / Haruki, M. / Katayanagi, K. / Kanaya, S. / Morikawa, K.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Rnase Hi in Complex with Mg2+ at 2.8 A Resolution: Proof for a Single Mg(2+)-Binding Site
著者: Katayanagi, K. / Okumura, M. / Morikawa, K.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structural Details of Ribonuclease H from Escherichia Coli as Refined to an Atomic Resolution
著者: Katayanagi, K. / Miyagawa, M. / Matsushima, M. / Ishikawa, M. / Kanaya, S. / Nakamura, H. / Ikehara, M. / Matsuzaki, T. / Morikawa, K.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Structure of Ribonuclease H Phased at 2 A Resolution by MAD Analysis of the Selenomethionyl Protein
著者: Yang, W. / Hendrickson, W.A. / Crouch, R.J. / Satow, Y.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Three-Dimensional Structure of Ribonuclease H from E. Coli
著者: Katayanagi, K. / Miyagawa, M. / Matsushima, M. / Ishikawa, M. / Kanaya, S. / Ikehara, M. / Matsuzaki, T. / Morikawa, K.
履歴
登録1996年10月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6461
ポリマ－17,6461
非ポリマー00
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.790, 86.700, 37.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE H / RNASE H


分子量: 17646.057 Da / 分子数: 1 / 変異: D134H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MIC3001 / プラスミド: PJAL134H / 遺伝子 (発現宿主): RNHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Y4, ribonuclease H
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: macro-seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 mg/mlprotein1drop
20.2 MTris-HCl1drop
30.4 MTris-HCl1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年5月13日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 9295 / % possible obs: 81.9 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.07 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 28545
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.93 Å / % possible obs: 68 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR3.1精密化
MADNESデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 1
詳細: IDEAL BOND LENGTHS AND ANGLES USED DURING REFINEMENT: HENDRICKSON AND KONNERT INITIAL REFINEMENTS WERE DONE WITH X-PLOR 3.1 BY BRUNGER.
Rfactor反射数
Rwork0.197 -
obs-8908
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1254 0 0 177 1431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2961.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.1052
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.5312.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1590.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2080.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2030.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.13
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor39.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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