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- PDB-1kv8: Crystal Structure of 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kv8
タイトルCrystal Structure of 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase
要素3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase
キーワードLYASE / beta/alpha-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase / 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase activity / L-ascorbic acid catabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase, UlaD / HPS/KGPDC domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase UlaD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Wise, E. / Yew, W.S. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Homologous (beta/alpha)8-barrel enzymes that catalyze unrelated reactions: orotidine 5'-monophosphate decarboxylase and 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase.
著者: Wise, E. / Yew, W.S. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
履歴
登録2002年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase
B: 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4205
ポリマ－47,2062
非ポリマー2143
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
2
A: 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase
B: 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase
ヘテロ分子

A: 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase
B: 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,84110
ポリマ－94,4124
非ポリマー4286
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area30040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.47, 41.631, 90.633
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 97.2, 90.0
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-635-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase / E.C.4.1.2.- / hexulose-6-phosphate synthase / HUMPS / D-arabino 3-hexulose 6-phosphate formaldehyde lyase


分子量: 23603.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P39304, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 20% MePEG 5000, 100 mM sodium/potassium phosphate, 100 mM PIPES, pH 7.0, Micro-batch at 298K
結晶化
*PLUS
手法: batch method / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMHEPES11pH7.5
25 mM11MgCl2
3100 mM11NaCl
415 mg/mlprotein11
518 %MePEG500011
650 mMsodium potassium phosphate11
750 mMbis-Tris-propane11pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→500 Å / Num. all: 60768 / Num. obs: 57167 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 39.8
反射 シェル解像度: 1.62→1.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 90.5
反射
*PLUS
Num. obs: 8810 / % possible obs: 97.2 % / Num. measured all: 480987 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.5 % / Rmerge(I) obs: 0.181

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.62→500 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 2873 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.182 60768 --
obs0.182 57167 94.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3339 0 11 405 3755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.303
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / Num. reflection obs: 57085 / Num. reflection Rfree: 2870 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.182 / Rfactor Rfree: 0.199 / Rfactor Rwork: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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