ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SDMS | | データ削減 | SOLVE | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | SDMS | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→14.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 245271.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.248 | 656 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.229 | - | - | - |
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obs | 0.229 | 12746 | 97.2 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.1196 Å2 / ksol: 0.349789 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.57 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -2.57 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 5.13 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.34 Å | 0.3 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.27 Å | 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.5 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1536 | 0 | 0 | 32 | 1568 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.19 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.05 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.61 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.34 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.288 | 91 | 4.7 % |
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Rwork | 0.27 | 1865 | - |
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obs | - | - | 91.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.8 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.27 |
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