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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ks4 | ||||||
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タイトル | The structure of Aspergillus niger endoglucanase-palladium complex | ||||||
要素 | Endoglucanase A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Endoglucanase / Cellulase / Aspergillus niger / family 9 / (alpha/alpha)6 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / transferase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus niger (黒麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Khademi, S. / Zhang, D. / Swanson, S.M. / Wartenberg, A. / Witte, C. / Meyer, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Determination of the structure of an endoglucanase from Aspergillus niger and its mode of inhibition by palladium chloride. 著者: Khademi, S. / Zhang, D. / Swanson, S.M. / Wartenberg, A. / Witte, K. / Meyer, E.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX AUTHOR PROVIDED HELIX RECORDS | ||||||
Remark 700 | SHEET AUTHOR PROVIDED SHEET RECORDS |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ks4.cif.gz | 52.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ks4.ent.gz | 41 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ks4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ks4_validation.pdf.gz | 413.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ks4_full_validation.pdf.gz | 418.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ks4_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ks4_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/1ks4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/1ks4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24283.145 Da / 分子数: 1 / 断片: Aspergillus niger Endoglucanase / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: CBS 554.65 / 参照: UniProt: O74705, cellulase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: PEG 4000, Sodium Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030K / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic, Model 140-000023 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 11142 / Num. obs: 10691 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 26.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 89.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 11084 / Num. measured all: 117527 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 89.3 % / Rmerge(I) obs: 0.63 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.743 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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