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- PDB-1kqs: The Haloarcula marismortui 50S Complexed with a Pretranslocationa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kqs
タイトルThe Haloarcula marismortui 50S Complexed with a Pretranslocational Intermediate in Protein Synthesis
要素
  • (RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 28
  • 23S RRNA
  • 5S RRNA
  • CC-Pmn-pcb
  • CCA
キーワードRIBOSOME / RIBOSOME ASSEMBLY / RNA-RNA / PROTEIN-RNA / PROTEIN-PROTEIN / PROTEIN SYNTHESIS / PEPTIDYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single Heli x bin / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #60 / Ribosomal protein L30/L7, central domain / Ribosomal protein L39 / N-terminal domain of TfIIb - #30 / Ribosomal protein L21 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #80 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 - #10 / 3-methyladenine DNA Glycosylase II; Chain A, domain 3 ...Single Heli x bin / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #60 / Ribosomal protein L30/L7, central domain / Ribosomal protein L39 / N-terminal domain of TfIIb - #30 / Ribosomal protein L21 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #80 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 - #10 / 3-methyladenine DNA Glycosylase II; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein L31e; Chain: W; / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3; domain 3 / Ribosomal protein L3, domain 3 / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, - #10 / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 - #10 / Helix Hairpins - #310 / Ribosomal Protein L4; Chain: A; / Ribosomal protein L4/L1 / 50S ribosomal protein L10, archaea / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / SH3 type barrels. - #30 / : / Ribosomal protein L30/S12 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Outer Surface Protein A; domain 3 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / : / N-terminal domain of TfIIb / Translation factors / Helix-hairpin-helix domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / metallochaperone-like domain / TRASH domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Single Sheet / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
6-AMINOHEXANOIC ACID / BIOTIN / : / : / PHENYLALANINAL / PUROMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...6-AMINOHEXANOIC ACID / BIOTIN / : / : / PHENYLALANINAL / PUROMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL43
類似検索 - 構成要素
生物種Haloarcula marismortui (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schmeing, T.M. / Seila, A.C. / Hansen, J.L. / Freeborn, B. / Soukup, J.K. / Scaringe, S.A. / Strobel, S.A. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
著者: Schmeing, T.M. / Seila, A.C. / Hansen, J.L. / Freeborn, B. / Soukup, J.K. / Scaringe, S.A. / Strobel, S.A. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
履歴
登録2002年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: 23S RRNA
9: 5S RRNA
3: CCA
4: CC-Pmn-pcb
A: RIBOSOMAL PROTEIN L2
B: RIBOSOMAL PROTEIN L3
C: RIBOSOMAL PROTEIN L4
D: RIBOSOMAL PROTEIN L5
E: RIBOSOMAL PROTEIN L6
F: RIBOSOMAL PROTEIN L7AE
G: RIBOSOMAL PROTEIN L10
H: RIBOSOMAL PROTEIN L10E
I: RIBOSOMAL PROTEIN L13
J: RIBOSOMAL PROTEIN L14
K: RIBOSOMAL PROTEIN L15
L: RIBOSOMAL PROTEIN L15E
M: RIBOSOMAL PROTEIN L18
N: RIBOSOMAL PROTEIN L18E
O: RIBOSOMAL PROTEIN L19E
P: RIBOSOMAL PROTEIN L21E
Q: RIBOSOMAL PROTEIN L22
R: RIBOSOMAL PROTEIN L23
S: RIBOSOMAL PROTEIN L24
T: RIBOSOMAL PROTEIN L24E
U: RIBOSOMAL PROTEIN L29
V: RIBOSOMAL PROTEIN L30
W: RIBOSOMAL PROTEIN L31E
X: RIBOSOMAL PROTEIN L32E
Y: RIBOSOMAL PROTEIN L37Ae
Z: RIBOSOMAL PROTEIN L37E
1: RIBOSOMAL PROTEIN L39E
2: RIBOSOMAL PROTEIN L44E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,460,691268
ポリマ－1,453,37432
非ポリマー7,317236
水141,7967871
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.784, 300.349, 574.961
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 0934

#1: RNA鎖 23S RRNA


分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779
#2: RNA鎖 5S RRNA


分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779
#3: RNA鎖 CCA


分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase synthesis
#4: RNA鎖 CC-Pmn-pcb


分子量: 565.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Solid phase synthesis, followed by peptidyl transferase reaction.

+
RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ12

#5: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L2 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2P / HMAL2 / HL4


分子量: 25237.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P20276
#6: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L3 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3P / HMAL3 / HL1


分子量: 37265.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P20279
#7: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L4 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4E / HMAL4 / HL6


分子量: 26442.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12735
#8: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L5 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5P / HMAL5 / HL13


分子量: 19420.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14124
#9: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L6 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6P / HMAL6 / HL10


分子量: 19830.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14135
#10: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L7AE / 30S RIBOSOMAL PROTEIN HS6


分子量: 12600.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12743
#11: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L10 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN P0 / HMAL10 / L10E


分子量: 37213.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P15825
#12: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L10E


分子量: 18022.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60617*PLUS
#13: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L13 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13P / HMAL13


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P29198
#14: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L14 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14P / HMAL14 / HL27


分子量: 14216.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P22450
#15: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L15 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15P / HMAL15 / HL9


分子量: 17874.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12737
#16: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L15E


分子量: 22856.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60618*PLUS
#17: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L18 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18P / HMAL18 / HL12


分子量: 20509.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14123
#18: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L18E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18E / HL29 / L19


分子量: 12307.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12733
#19: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L19E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19E / HMAL19 / HL24


分子量: 16631.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14119
#20: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L21E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21E / HL31


分子量: 10436.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12734
#21: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L22 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22P / HMAL22 / HL23


分子量: 16835.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10970
#22: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L23 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23P / HMAL23 / HL25 / L21


分子量: 9481.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12732
#23: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L24 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24P / HMAL24 / HL16 / HL15


分子量: 13539.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10972
#24: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L24E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24E / HL21/HL22


分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14116
#25: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L29 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29P / HMAL29 / HL33


分子量: 7758.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10971
#26: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L30 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30P / HMAL30 / HL20 / HL16


分子量: 17062.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14121
#27: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L31E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31E / L34 / HL30


分子量: 10253.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P18138
#28: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L32E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32E / HL5


分子量: 26324.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12736
#29: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L37Ae


分子量: 8097.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60619*PLUS
#30: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L37E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L37E / L35E


分子量: 6199.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P32410
#31: タンパク質・ペプチド RIBOSOMAL PROTEIN L39E / 50S RIBOSOMAL PROTEINS L39E / HL39E / HL46E


分子量: 5844.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P22452
#32: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L44E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L44E / LA / HLA


分子量: 10815.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P32411

-
非ポリマー , 10種, 8107分子

#33: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#35: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#36: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#37: 化合物 ChemComp-PPU / PUROMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 551.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N7O8P
#38: 化合物 ChemComp-PHA / PHENYLALANINAL


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO
#39: 化合物 ChemComp-ACA / 6-AMINOHEXANOIC ACID / AMINOCAPROIC ACID


タイプ: peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#40: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN


分子量: 244.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#41: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#42: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, KCl, NH4Cl, MgCl2, CdCl2, POTASSIUM ACETATE, TRIS-MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2KCl11
3NH4Cl11
4MgCl211
5CdCl211
6POTASSIUM ACETATE11
7TRIS-MES11
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: data unknown
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-ID
11
21
31
41
51
61
71

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→45 Å / Num. all: 2581688 / Num. obs: 2581688 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.07→3.15 Å / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最低解像度: 45 Å / Num. obs: 340617 / 冗長度: 7.6 % / Num. measured all: 2581688
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.1→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2202 3088 RANDOM
Rwork0.1728 --
all0.1732 328866 -
obs0.1732 316760 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28801 61713 303 7871 98688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.333
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.161
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.12 Å / Num. reflection Rfree: 57
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.1709 / Rfactor Rfree: 0.2205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.161
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.07 Å / 最低解像度: 3.15 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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