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- PDB-1kqr: Crystal Structure of the Rhesus Rotavirus VP4 Sialic Acid Binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kqr
タイトルCrystal Structure of the Rhesus Rotavirus VP4 Sialic Acid Binding Domain in Complex with 2-O-methyl-alpha-D-N-acetyl neuraminic acid
要素VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / rotavirus / VP4 / VP8* / spike protein / outer capsid / sialic acid / hemagglutinin / cell attachment / neutralization antigen / lectin / galectin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhesus rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Dormitzer, P.R. / Sun, Z.-Y.J. / Wagner, G. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: The Rhesus Rotavirus VP4 Sialic Acid Binding Domain has a Galectin Fold with a Novel Carbohydrate Binding Site
著者: Dormitzer, P.R. / Sun, Z.-Y.J. / Wagner, G. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2001
タイトル: Proteolysis of Monomeric Recombinant Rotavirus VP4 Yields an Oligomeric VP5* Core
著者: Dormitzer, P.R. / Greenberg, H.B. / Harrison, S.C.
履歴
登録2002年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_remark / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 12The 8 to 16 residue amino terminal linker and residues E62 to V64 of VP4 are disordered and are not ...The 8 to 16 residue amino terminal linker and residues E62 to V64 of VP4 are disordered and are not included in the model.
Remark 13Alternate conformations are modeled for residues Q70, M82, I106, S118, T124, Q125, I141, V143, ...Alternate conformations are modeled for residues Q70, M82, I106, S118, T124, Q125, I141, V143, S151, Y155, G156, P157, Q159, K163, V167, N171, N178, E180, K187, E212, S214, and N222.
Remark 14The G156-P157 peptide bond has alternate cis and trans conformations.
Remark 15The model contains two apparent close contacts: the N222 side chain with HOH 2187 and the G156 ...The model contains two apparent close contacts: the N222 side chain with HOH 2187 and the G156 carbonyl with HOH 2190. In each case, the residue has alternate conformations, and the water molecule has partial occupancy, so that clashes are avoided.
Remark 16The electron density for the K187 side chain is ambiguous beyond CB. A well-defined volume of high ...The electron density for the K187 side chain is ambiguous beyond CB. A well-defined volume of high electron density near K187 is modeled with NZ of K187 conformation B. The low B-factor of this atom (2.63) indicates that, in another conformation, this density is occupied by another atom, possibly an ion, which has not been modeled.
Remark 700sheet determination method: author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7324
ポリマ－20,2201
非ポリマー5113
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.027, 48.027, 130.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2167-

HOH

21A-2188-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 VP4


分子量: 20220.279 Da / 分子数: 1 / 断片: sialic acid binding domain (residues 62-224) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhesus rotavirus (ウイルス) / 生物種: Rotavirus A / 遺伝子: segment 4 / プラスミド: pGex-VP8(62-224) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P12473
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-MNA / 2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / 2-O-METHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D- NEURAMINIC ACID / 2-O-メチル-N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 323.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO9
識別子タイププログラム
2-O-methyl-5-N-acetyl-a-D-neuraminic acidIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.2 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, PEG 400, NaCl, NaPO4, Pipes, Tris, 2-O-methyl-alpha-D-N-acetyl neuraminic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
117.6 mg/mlprotein1drop
252 mMsialoside1drop
35.6 mMTris-HCl1droppH8.0
414 mMsodium phosphate1droppH7.0
535 mM1dropNaCl
60.3 mMEDTA1drop
70.02 %sodium azide1drop
80.1 mMbenzamidine1drop
91.60-1.75 Mammonium sulfate1reservoir
102.3-2.5 %PEG4001reservoir
11100 mMPIPES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月2日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: bent G3(III) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 31002 / Num. obs: 31002 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.25 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 37.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 5.71 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 5.51 / Num. unique all: 1993 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 % / Num. unique obs: 1993

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.4→25 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1530 5 %Random
Rwork0.169 ---
all-30898 --
obs-30898 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1273 0 33 190 1496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.86
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.5212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2922.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 142 5 %
Rwork0.204 2895 -
obs-3037 99.5 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0149
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.858
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.25
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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