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- PDB-1koh: THE CRYSTAL STRUCTURE AND MUTATIONAL ANALYSIS OF A NOVEL RNA-BIND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1koh
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE AND MUTATIONAL ANALYSIS OF A NOVEL RNA-BINDING DOMAIN FOUND IN THE HUMAN TAP NUCLEAR MRNA EXPORT FACTOR
要素TIP ASSOCIATING PROTEIN
キーワードRNA BINDING PROTEIN / mRNA export factor / Constitutive transport element (CTE) Ribonucleoprotein (RNP) and Leucine Rich Repeat (LRR) domains
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / cytoplasmic stress granule ...nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote ...Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / UBA-like superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / RNA-binding domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear RNA export factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Ho, D.N. / Coburn, G.A. / Kang, Y. / Cullen, B.R. / Georgiadis, M.M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The crystal structure and mutational analysis of a novel RNA-binding domain found in the human Tap nuclear mRNA export factor.
著者: Ho, D.N. / Coburn, G.A. / Kang, Y. / Cullen, B.R. / Georgiadis, M.M.
#1: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2001
タイトル: Using viral species specificity to define a critical protein/RNA interaction surface
著者: Coburn, G.A. / Wiegand, H.L. / Kang, Y. / Ho, D.N. / Georgiadis, M.M. / Cullen, B.R.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: THE STRUCTURE OF THE MRNA EXPORT FACTOR TAP REVEALS A CIS ARRANGEMENT OF A NON-CANONICAL RNP DOMAIN AND AN LRR DOMAIN
著者: Liker, E. / Fernandez, E. / Izaurralde, E. / Conti, E.
履歴
登録2001年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIP ASSOCIATING PROTEIN
B: TIP ASSOCIATING PROTEIN
C: TIP ASSOCIATING PROTEIN
D: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,9314
ポリマ－125,9314
非ポリマー00
水00
1
A: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4831
ポリマ－31,4831
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4831
ポリマ－31,4831
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4831
ポリマ－31,4831
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4831
ポリマ－31,4831
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.779, 136.779, 202.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
TIP ASSOCIATING PROTEIN / TAP


分子量: 31482.848 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 96-372 / 変異: C143S,C252S,C328S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UBU9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: sodium potassium tartrate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mg/mlprotein1drop
21.1 Mpotassium/sodium tartrate1reservoir
30.05 Msodium citrate1reservoirpH5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. all: 21079 / Num. obs: 18686 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1900 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FT8

1ft8


解像度: 3.8→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.355 481 -RANDOM
Rwork0.275 ---
all-17348 --
obs-16469 94.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6854 0 0 0 6854
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.275
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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