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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1koh | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE AND MUTATIONAL ANALYSIS OF A NOVEL RNA-BINDING DOMAIN FOUND IN THE HUMAN TAP NUCLEAR MRNA EXPORT FACTOR | ||||||
![]() | TIP ASSOCIATING PROTEIN | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / mRNA export factor / Constitutive transport element (CTE) Ribonucleoprotein (RNP) and Leucine Rich Repeat (LRR) domains | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / cytoplasmic stress granule ...nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ho, D.N. / Coburn, G.A. / Kang, Y. / Cullen, B.R. / Georgiadis, M.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure and mutational analysis of a novel RNA-binding domain found in the human Tap nuclear mRNA export factor. 著者: Ho, D.N. / Coburn, G.A. / Kang, Y. / Cullen, B.R. / Georgiadis, M.M. #1: ![]() タイトル: Using viral species specificity to define a critical protein/RNA interaction surface 著者: Coburn, G.A. / Wiegand, H.L. / Kang, Y. / Ho, D.N. / Georgiadis, M.M. / Cullen, B.R. #2: ![]() タイトル: THE STRUCTURE OF THE MRNA EXPORT FACTOR TAP REVEALS A CIS ARRANGEMENT OF A NON-CANONICAL RNP DOMAIN AND AN LRR DOMAIN 著者: Liker, E. / Fernandez, E. / Izaurralde, E. / Conti, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 141.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 579.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31482.848 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 96-372 / 変異: C143S,C252S,C328S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.34 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: sodium potassium tartrate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. all: 21079 / Num. obs: 18686 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1900 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.7 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FT8 解像度: 3.8→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.275 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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