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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1km3 | ||||||
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タイトル | crystal structure of ODCase mutant K42A complexed with 6-azaUMP | ||||||
![]() | OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE | ||||||
![]() | LYASE / TIM barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, N. / Gillon, W. / Pai, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. 著者: Wu, N. / Gillon, W. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | the other half of the biological dimer is generated by two fold axis -x, -y, z+1/2 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26737.746 Da / 分子数: 1 / 変異: K42A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-UP6 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.53 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: trisodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 詳細: Wu, N., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 912. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating) |
放射 | モノクロメーター: bend cylindrical Ge(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 33670 / Num. obs: 33670 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / % possible all: 92.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 486020 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.0246 Å2 / ksol: 0.385736 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.162 / Rfactor Rfree: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.198 / Rfactor Rwork: 0.165 |