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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kln | ||||||
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タイトル | DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7) MUTANT/DNA COMPLEX | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() 5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair ...5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Beese, L.S. / Derbyshire, V. / Steitz, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of DNA polymerase I Klenow fragment bound to duplex DNA. 著者: Beese, L.S. / Derbyshire, V. / Steitz, T.A. #1: ![]() タイトル: Structural Basis for the 3'-5' Exonuclease Activity of Escherichia Coli DNA Polymerase I: A Two Metal Ion Mechanism 著者: Beese, L.S. / Steitz, T.A. #2: ![]() タイトル: Co-Crystal Structure of an Editing Complex of Klenow Fragment with DNA 著者: Freemont, P.S. / Friedman, J.M. / Beese, L.S. / Steitz, T.A. #3: ![]() タイトル: Structure of Large Fragment of Escherichia Coli DNA Polymerase I Complexed with dTMP 著者: Ollis, D.L. / Brick, P. / Hamlin, R. / Xuong, N.G. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 384.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3969.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3071.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 68117.680 Da / 分子数: 1 / Mutation: D355A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 / 詳細: pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 3.2→10 Å / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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