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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kiz | ||||||
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タイトル | D100E trichodiene synthase complexed with pyrophosphate | ||||||
要素 | trichodiene synthase | ||||||
キーワード | LYASE / terpenoid synthase fold / site-directed mutant / pyrophosphate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trichodiene synthase / sesquiterpenoid biosynthetic process / trichodiene synthase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Fusarium sporotrichioides (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Rynkiewicz, M.J. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: X-ray crystal structures of D100E trichodiene synthase and its pyrophosphate complex reveal the basis for terpene product diversity. 著者: Rynkiewicz, M.J. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kiz.cif.gz | 160.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kiz.ent.gz | 127.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kiz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kiz_validation.pdf.gz | 401.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kiz_full_validation.pdf.gz | 412.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kiz_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kiz_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/1kiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/1kiz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | To generate the biological dimer from the asymmetric unit, apply tranformation 6_665 to chain A and 6_655 to chain B |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44064.629 Da / 分子数: 2 / 変異: D100E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium sporotrichioides (菌類) / 遺伝子: Tri5 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13513, EC: 4.1.99.6 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-POP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.97 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: PEG 8000, calcium chloride, sodium HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Rynkiewicz, M.J., (2001) Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.J., 98, 13543. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: SI-111 + SI-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 41296 / Num. obs: 41214 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 6.2 % / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 246608 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.237 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB CODE 1JFG 解像度: 2.6→24.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2061956.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.3452 Å2 / ksol: 0.324764 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.6 % / Rfactor obs: 0.223 / Rfactor Rfree: 0.256 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 44.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.334 / % reflection Rfree: 8.5 % / Rfactor Rwork: 0.282 |