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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kim | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDINE KINASE FROM HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE I COMPLEXED WITH DEOXYTHYMIDINE | |||||||||
![]() | THYMIDINE KINASE | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / THYMIDINE KINASE / VIRIDAE / DS-DNA ENVELOPED VIRUSES / HERPESVIRIDAE / ALPHAHERPESVIRINAE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Champness, J.N. / Bennett, M.S. / Wien, F. / Brown, D.G. / Visse, R. / Sandhu, G. / Davies, A. / Rizkallah, P.J. / Melitz, C. / Summers, W.C. / Sanderson, M.R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Exploring the active site of herpes simplex virus type-1 thymidine kinase by X-ray crystallography of complexes with aciclovir and other ligands. 著者: Champness, J.N. / Bennett, M.S. / Wien, F. / Visse, R. / Summers, W.C. / Herdewijn, P. / de Clerq, E. / Ostrowski, T. / Jarvest, R.L. / Sanderson, M.R. #1: ![]() タイトル: 3'-Amino Thymidine Affinity Matrix for the Purification of Herpes Simplex Virus Thymidine Kinase 著者: Tung, P.P. / Respass, J. / Summers, W.C. #2: ![]() タイトル: Crystal Structures of the Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type-1 in Complex with Deoxythymidine and Ganciclovir 著者: Brown, D.G. / Visse, R. / Sandhu, G. / Davies, A. / Rizkallah, P.J. / Melitz, C. / Summers, W.C. / Sanderson, M.R. #3: ![]() タイトル: The Complete DNA Sequence of the Long Unique Region in the Genome of Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Mcgeoch, D.J. / Dalrymple, M.A. / Davison, A.J. / Dolan, A. / Frame, M.C. / Mcnab, D. / Perry, L.J. / Scott, J.E. / Taylor, P. #4: ![]() タイトル: Purification and Crystallization of Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Sanderson, M.R. / Freemont, P.S. / Murthy, H.M. / Krane, J.F. / Summers, W.C. / Steitz, T.A. #5: ![]() タイトル: Nucleotide Sequence of the Thymidine Kinase Gene of Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Wagner, M.J. / Sharp, J.A. / Summers, W.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 487.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.93009, 0.31943, 0.18139), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39862.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Simplexvirus / 生物種: Human herpesvirus 1 / 株: 17 / 遺伝子: TK / プラスミド: PT7\:HSVTK / 遺伝子 (発現宿主): TK / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HANGING-DROP: 8ML PROTEIN SOLUTION PLUS 4ML PRECIPITATING SOLUTION EQUILIBRATED AGAINST PRECIPITATING SOLUTION AT 25OC. (PROTEIN SOLUTION: HSV-TK 1.0MG/ML; 40MM TRIS-CL PH 7.5; 3MM DTT; 0.2MM ...詳細: HANGING-DROP: 8ML PROTEIN SOLUTION PLUS 4ML PRECIPITATING SOLUTION EQUILIBRATED AGAINST PRECIPITATING SOLUTION AT 25OC. (PROTEIN SOLUTION: HSV-TK 1.0MG/ML; 40MM TRIS-CL PH 7.5; 3MM DTT; 0.2MM DT. PRECIPITATING SOLUTION: 30% SATURATED AMMONIUM SULFATE; 200MM TRIS-CL PH 6.75; 3MM DTT; 0.2 MM DT.), vapor diffusion - hanging drop PH範囲: 6.75-7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OTWINOWSKI MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→38 Å / Num. obs: 39842 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.25 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.376 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 解像度: 2.14→12 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL B-FACTOR REFT. / σ(F): 2.6
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NCS RESTRAINT NOT USED IN FINAL REFINEMENT STAGES. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.14→2.22 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.296 |