+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kh1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Thermus thermophilus HB8 Argininosuccinate Synthetase | ||||||
要素 | Argininosuccinate Synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 argininosuccinate metabolic process / argininosuccinate synthase / argininosuccinate synthase activity / urea cycle / arginine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Goto, M. / Nakajima, Y. / Hirotsu, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of argininosuccinate synthetase from Thermus thermophilus HB8. Structural basis for the catalytic action. 著者: Goto, M. / Nakajima, Y. / Hirotsu, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kh1.cif.gz | 309.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1kh1.ent.gz | 253.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kh1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kh1_validation.pdf.gz | 476.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1kh1_full_validation.pdf.gz | 515.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kh1_validation.xml.gz | 61.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kh1_validation.cif.gz | 84 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/1kh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/1kh1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44875.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59846, argininosuccinate synthase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: tris, ammonium sulfate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→48.8 Å / Num. all: 124435 / Num. obs: 124435 / % possible obs: 89.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.37 Å / % possible all: 78.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. measured all: 281918 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78.3 % / Rmerge(I) obs: 0.127 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 48.8 Å / Rfactor obs: 0.1994 / Rfactor Rfree: 0.2291 / Rfactor Rwork: 0.1994 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2907 / Rfactor Rwork: 0.2525 / Rfactor obs: 0.2525 |