+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kg6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the K142R mutant of E.coli MutY (core fragment) | ||||||
要素 | A/G-specific adenine glycosylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / DNA Repair (DNA修復) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenine glycosylase / adenine/guanine mispair binding / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / DNAミスマッチ修復 / 塩基除去修復 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Difference fourier / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Gilboa, R. / Kilshtein, A. / Zharkov, D.O. / Kycia, J.H. / Gerchman, S.E. / Grollman, A.P. / Shoham, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Analysis of the E.coli MutY DNA glycosylase structure and function by site-directed mutagenesis 著者: Gilboa, R. / Kilshtein, A. / Zharkov, D.O. / Kycia, J.H. / Gerchman, S.E. / Grollman, A.P. / Shoham, G. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Role for Lysine 142 in the excision of adenine from A:G mispairs by MutY DNA glycosylase of Escherichia coli. 著者: Zharkov, D.O. / Gilboa, R. / Yagil, I. / Kycia, J.H. / Gerchman, S.E. / Shoham, G. / Grollmam, A.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kg6.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1kg6.ent.gz | 48.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kg6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kg6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25077.004 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 変異: K142R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mutY / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) 参照: UniProt: P17802, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SF4 / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Lithium sulfate, HEPES, Sodium chloride, Magnesium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→42 Å / Num. all: 35110 / Num. obs: 35110 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rsym value: 0.132 / % possible all: 54.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: Difference fourier 開始モデル: 1KG2 解像度: 1.5→42 Å / Num. parameters: 8582 / Num. restraintsaints: 7695 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: CNS 0.9 WAS ALSO USED IN REFINEMENT.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.13 Å / Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2081.65 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→42 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|