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万見
- PDB-1kf0: Crystal Structure of Pig Muscle Phosphoglycerate Kinase Ternary C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kf0
タイトルCrystal Structure of Pig Muscle Phosphoglycerate Kinase Ternary Complex with AMP-PCP and 3PG
要素Phosphoglycerate Kinase
キーワードTRANSFERASE / ATP analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / non-specific serine/threonine protein kinase / mitochondrial matrix / protein serine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Phosphoglycerate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kovari, Z. / Flachner, B. / Naray-Szabo, G. / Vas, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystallographic and thiol-reactivity studies on the complex of pig muscle phosphoglycerate kinase with ATP analogues: correlation between nucleotide binding mode and helix flexibility.
著者: Kovari, Z. / Flachner, B. / Naray-Szabo, G. / Vas, M.
履歴
登録2001年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE SEQUENCE AUTHOR REMARK STATES THAT THE PIG PHOSPHOGLYCERATE KINASE (PGK) HAS NOT YET BEEN ...SEQUENCE SEQUENCE AUTHOR REMARK STATES THAT THE PIG PHOSPHOGLYCERATE KINASE (PGK) HAS NOT YET BEEN SEQUENCED. THEREFORE THE SEQUENCE OF THE STRUCTURE IS BASED ON THE SEQUENCE OF THE HORSE MUSCLE PGK AND ON THE INTERPRETATION OF THE ELECTRON DENSITY MAPS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglycerate Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2424
ポリマ－44,5261
非ポリマー7163
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.6, 110.3, 48.0
Angle α, β, γ (deg.)90, 93.9, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycerate Kinase


分子量: 44526.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: muscle / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q7SIB7, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: magnesium chloride, PEG 8000, PH 7.0, 288K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mMAMP-PCP1reservoir
212 mM1reservoirMgCl2
310 mM3PG1reservoir
427-28 %(w/w)PEG80001reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月3日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 12274 / Num. obs: 12274 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.252 / % possible all: 79.3
反射
*PLUS
% possible obs: 90.88 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.18 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pig muscle PGK ternary complex with MnAMP-PNP and 3-PG May et al., Proteins, 24:292-303, 1996)

解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2524 609 RANDOM
Rwork0.173 --
all0.2476 11956 -
obs0.2 10666 -
原子変位パラメータBiso mean: 24.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.075 Å20 Å20.88 Å2
2---5.437 Å20 Å2
3----4.459 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3032 0 43 81 3156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.842
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.05
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3722 36 -
Rwork0.1249 --
obs-790 48.08 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.2476 / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rfree: 0.2524 / Rfactor Rwork: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.05
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3722 / Rfactor Rwork: 0.1249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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