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- PDB-1kd7: Crystal structure of an extracellular domain fragment of human BAFF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kd7
タイトルCrystal structure of an extracellular domain fragment of human BAFF
要素TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-sheet shandwich / TNF
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation ...B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / T cell costimulation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / receptor ligand activity / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Karpusas, M. / Cachero, T.G. / Qian, F. / Boriack-Sjodin, A. / Mullen, C. / Strauch, K. / Hsu, Y.-M. / Kalled, S.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Extracellular Human BAFF, a TNF Family Member that Stimulates B Lymphocytes
著者: Karpusas, M. / Cachero, T.G. / Qian, F. / Boriack-Sjodin, A. / Mullen, C. / Strauch, K. / Hsu, Y.-M. / Kalled, S.L.
履歴
登録2001年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE AUTHOR STATES THE SEQUENCE EQKLISEEDLNKELQGPEET IS THE N-TERMINUS (N122) CORRESPONDS TO ...SEQUENCE AUTHOR STATES THE SEQUENCE EQKLISEEDLNKELQGPEET IS THE N-TERMINUS (N122) CORRESPONDS TO RESIDUES THAT ARE NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY. AUTHOR ALSO STATES THAT THE MYC-TAG (EQKLISEEDLNKEL) AND THE BAFF SEQUENCE FRAGMENT (QGPEET) THERE IS NO SEQUENCE MATCH FOR THE MYC-TAG BECAUSE IT IS NOT RELATED TO THE BAFF SEQUENCE, BUT IT IS A FRAGMENT OF ANOTHER PROTEIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
B: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
C: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
K: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
L: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
M: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3486
ポリマ－111,3486
非ポリマー00
水00
1
A: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
B: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
C: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6743
ポリマ－55,6743
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
2
K: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
L: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
M: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6743
ポリマ－55,6743
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.720, 121.720, 160.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B / BAFF / TALL-1 / TNF-and-APOL-related leukocyte expressed ligand 1


分子量: 18558.082 Da / 分子数: 6 / 断片: Extracellular domain fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9Y275
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetatesolution of 8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
19 mg/mlprotein1drop
2150 mMsodium phosphate1droppH7.
3150 mM1dropNaCl
48 %(w/v)PEG40001reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoirpH4.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンNSLS X4A20.9464
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2000年12月12日OSMIC BLUE OPTICS
ADSC QUANTUM 42CCD2001年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.94641
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 31743 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 81.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.25 2861 RANDOM
Rwork0.217 --
all0.222 28918 -
obs0.222 28918 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6858 0 0 0 6858
LS精密化 シェル最高解像度: 2.8 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.25 2861
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.254 / Rfactor Rwork: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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