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- PDB-1kd5: The Crystal Structure of r(GGUCACAGCCC)2 metal free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kd5
タイトルThe Crystal Structure of r(GGUCACAGCCC)2 metal free form
要素5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*C)-3'
キーワードRNA / RNA duplex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Kacer, V. / Scaringe, S.A. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of r(GGUCACAGCCC)2.
著者: Kacer, V. / Scaringe, S.A. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P.
履歴
登録2001年11月12日登録サイト: NDB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9622
ポリマ－6,9622
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.388, 45.388, 51.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量: 3481.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 50 mM tris HCl (pH 6.4), 1.4 M (NH4)2SO4, 20 mM MgCl2, 18 mM spermine, neomycin B, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1tris HCl11
2(NH4)2SO411
3MgCl211
4spermine11
5neomycin B11
6tris HCl12
7(NH4)2SO412
8MgCl212
9spermine12
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris-HCl1reservoirpH6.4
21.4 Mammonium sulfate1reservoir
320 mM1reservoirMgCl2
418 mM1reservoir
54 mg/mlprotein1drop
610 mMTris-HCl1droppH7.0
75 mM1dropMgCl2
81
91

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→25 Å / Num. all: 14792 / Num. obs: 14143 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 721 / % possible all: 91.7
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 13635 / 冗長度: 12.1 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SHELXL精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.58→5 Å / Num. parameters: 5286 / Num. restraintsaints: 6608
Isotropic thermal model: Restrained Anisotropic B factors as implemented in SHELXL-96
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: Preliminary refinement in CNS. Restrained Anisotropic B factors as implemented in SHELXL-96
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1324 9.93 %random
Rwork0.1714 ---
all0.174 ---
obs0.1714 13324 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-227
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.164 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 587
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 460 0 127 587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.016
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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