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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kd5 | ||||||||||||||||||
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タイトル | The Crystal Structure of r(GGUCACAGCCC)2 metal free form | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / RNA duplex | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.58 Å | データ登録者 | Kacer, V. / Scaringe, S.A. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 | タイトル: Crystal structures of r(GGUCACAGCCC)2. 著者: Kacer, V. / Scaringe, S.A. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kd5.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kd5.ent.gz | 27.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kd5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kd5_validation.pdf.gz | 392.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kd5_full_validation.pdf.gz | 393.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kd5_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kd5_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kd5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3481.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 50 mM tris HCl (pH 6.4), 1.4 M (NH4)2SO4, 20 mM MgCl2, 18 mM spermine, neomycin B, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→25 Å / Num. all: 14792 / Num. obs: 14143 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.67 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 721 / % possible all: 91.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 13635 / 冗長度: 12.1 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.58→5 Å / Num. parameters: 5286 / Num. restraintsaints: 6608 Isotropic thermal model: Restrained Anisotropic B factors as implemented in SHELXL-96 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: Preliminary refinement in CNS. Restrained Anisotropic B factors as implemented in SHELXL-96
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-227 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.164 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 587 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 96 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.171 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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