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- PDB-1kby: Structure of Photosynthetic Reaction Center with bacteriochloroph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kby
タイトルStructure of Photosynthetic Reaction Center with bacteriochlorophyll-bacteriopheophytin heterodimer
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER PROTEIN ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / transmembrane alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Camara-Artigas, A. / Magee, C. / Goetsch, A. / Allen, J.P.
引用
ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2002
タイトル: The structure of the heterodimer reaction center from Rhodobacter sphaeroides at 2.55 a resolution.
著者: Camara-Artigas, A. / Magee, C. / Goetsch, A. / Allen, J.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Effects of Hydrogen Bonding to a Bacteriochklorophyll-bacteriopheophytin Dimer in Reaction Centers from Rhodobacter Sphaeroides
著者: Allen, J.P. / Artz, K. / Lin, X. / Williams, J.C. / Ivancich, A. / Albouy, D. / Mattioli, T.A. / Fetsch, A. / Kuhn, M. / Lubitz, W.
履歴
登録2001年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,17614
ポリマ－93,7863
非ポリマー8,39011
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31370 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area30170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.310, 142.310, 187.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN / REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN / REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN


分子量: 34373.551 Da / 分子数: 1 / Mutation: H202L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN / REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS

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非ポリマー , 8種, 233分子

#4: 化合物 ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#5: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#9: 化合物 ChemComp-SPO / SPHEROIDENE / (13Z)-3,4-ジデヒドロ-1,2,7′,8′-テトラヒドロ-1-メトキシ-ψ,ψ-カロテン


分子量: 568.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60O
#10: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: LDAO, Potassium phosphate, heptano-1,2,3-triol, dioxane, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 25K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU200HB11.5418
シンクロトロンSSRL BL7-121.08
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE2000年2月20日
MARRESEARCH2CCD2000年4月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GraphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Cylindrically bent triangular Si(111) asymetric cut, horizontal focus monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.081
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 59548 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.121
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 6400 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 61.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→27.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2622146.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 5866 10.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.198 ---
obs0.195 57834 81.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.6231 Å2 / ksol: 0.286467 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å210.93 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6432 0 566 222 7220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.652.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 445 10.7 %
Rwork0.324 3703 -
obs--33 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2RC_ANA.PARRC_ANA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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