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万見
- PDB-1k9w: HIV-1(MAL) RNA Dimerization Initiation Site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k9w
タイトルHIV-1(MAL) RNA Dimerization Initiation Site
要素HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
キーワードRNA / HIV / hairpin
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ennifar, E. / Walter, P. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Dumas, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of coaxially stacked kissing complexes of the HIV-1 RNA dimerization initiation site.
著者: Ennifar, E. / Walter, P. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Dumas, P.
履歴
登録2001年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
B: HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
C: HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
D: HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5558
ポリマ－29,4584
非ポリマー974
水00
1
A: HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
B: HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8025
ポリマ－14,7292
非ポリマー733
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
D: HIV-1 DIS(Mal)UU RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7533
ポリマ－14,7292
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.070, 27.320, 92.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖
HIV-1 DIS(Mal)UU RNA


分子量: 7364.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HIV-1(Mal) sequence with U265 and U287 mutations
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Isopropanol, magnesium chloride, spermine, cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Isopropanol11
2MgCl211
3spermine11
4cacodylate11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
113 mM1dropMgCl2
225 mMMES1droppH5.6
315 mMsodium cacodylate1droppH7.0
47.5 %(w/v)2-propanol1drop
53.5 mMspermine1drop
60.150 mMRNA1drop
720 mM1reservoirMgCl2
850 mMMES1reservoirpH5.6
915 %(v/v)2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→15 Å / Num. obs: 6955 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.042
反射 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Num. unique all: 909 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 95.9 % / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Mean I/σ(I) obs: 9.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 422155.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 436 8.8 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all-5458 --
obs-4967 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.09661481 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7 Å20 Å2-10.14 Å2
2---17.19 Å20 Å2
3---14.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.39 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.26 Å-0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1948 4 0 1952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.51
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 60 7.5 %
Rwork0.254 741 -
obs--90.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1LUC.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.227 / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg14.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.51
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.371 / Rfactor Rwork: 0.254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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