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万見
- PDB-1k8l: XBY6: An analog of CK14 containing 6 dithiophosphate groups -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k8l
タイトルXBY6: An analog of CK14 containing 6 dithiophosphate groups
要素
  • FIRST STRAND OF CK14 DNA DUPLEX
  • SECOND STRAND OF CK14 DNA DUPLEX
キーワードDNA / XBY6 / CK14 / CK1 / PHOSPHORODITHIOATE / NF-KB
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Volk, D.E. / Yang, X. / Fennewald, S.M. / King, D.J. / Bassett, S.E. / Venkitachalam, S. / Herzog, N. / Luxon, B.A. / Gorenstein, D.G.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2002
タイトル: Solution structure and design of dithiophosphate backbone aptamers targeting transcription factor NF-kappaB
著者: Volk, D.E. / Yang, X. / Fennewald, S.M. / King, D.J. / Bassett, S.E. / Venkitachalam, S. / Herzog, N. / Luxon, B.A. / Gorenstein, D.G.
履歴
登録2001年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42022年6月22日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_mod_residue / Item: _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIRST STRAND OF CK14 DNA DUPLEX
B: SECOND STRAND OF CK14 DNA DUPLEX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7542
ポリマ－8,7542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 FIRST STRAND OF CK14 DNA DUPLEX


分子量: 4314.044 Da / 分子数: 1 / 断片: DITHIOATED AT T10, C11 / 変異: DITHIOATED AT T10, C11 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHESIZED WITH BOTH NORMAL PHOSPHOROAMIDITE CHEMISTRY AND THIOPHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY
#2: DNA鎖 SECOND STRAND OF CK14 DNA DUPLEX


分子量: 4440.326 Da / 分子数: 1 / 断片: DITHIOATED AT G17, C22, C24, G27 / 変異: DITHIOATED AT G17, C22, C24, G27 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHESIZED WITH BOTH NORMAL PHOSPHOROAMIDITE CHEMISTRY AND THIOPHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
232DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. Proton resonances were assigned using COSY, TOCSY, and NOESY data

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM duplex, 12 mM Na2HPO4, 8 mM NaH2PO4, 56 mM NaCl, 50 uM NaN390% H2O/10% D2O
21 mM duplex, 12 mM Na2HPO4, 8 mM NaH2PO4, 56mM NaCl, 50 uM NaN399.96% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM 6.7ambient 278 K
2100 mM 6.7ambient 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7501
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
MORASS2.5Gorensteiniterative matrix relaxation
Amber5Case,Kollman, et al構造決定
Amber5Case,Kollman, et al精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Distance restraints were derived by MORASS 2.5 using a total relaxation matrix approach. AMBER 5 was used for MD and minimization. The deposited structure represents the average of ten final structures
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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