ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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EPMR | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: WT B1 domain, pdb entry 1HZ5 解像度: 1.8→24.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1130895.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.205 | 1340 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.199 | - | - | - |
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all | 0.199 | 26509 | - | - |
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obs | 0.199 | 26441 | 99.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.135 Å2 / ksol: 0.361692 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.1 Å2 | 0.97 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.1 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.21 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.21 Å | 0.19 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.12 Å | 0.09 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.54 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1122 | 0 | 8 | 203 | 1333 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d26.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.65 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.33 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.86 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.66 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.77 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.277 | 202 | 4.7 % |
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Rwork | 0.257 | 4058 | - |
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obs | - | 3826 | 98.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 3 | CARBOHYDRATE.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAM | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.205 / Rfactor Rwork: 0.199 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.0052 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.25 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg26.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.65 | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.257 |
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