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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k4p | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase in complex with zinc ions | ||||||
![]() | 3,4-Dihydroxy-2-Butanone 4-Phosphate Synthase | ||||||
![]() | ISOMERASE / dihydroxybutanone phosphate synthase / riboflavin biosynthesis / antimicrobial target / structure-based design | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liao, D.-I. / Zheng, Y.-J. / Viitanen, P.V. / Jordan, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural definition of the active site and catalytic mechanism of 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase. 著者: Liao, D.I. / Zheng, Y.J. / Viitanen, P.V. / Jordan, D.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 378.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a homodimer. Applying the following symmetry related operation on the coordinates of the monomer in the asymmetric unit would generate the 2nd half of the dimer. rotation matrix -1.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 translation -1, -1, 0 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25036.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8TG90, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Li2SO4, MES-NaOH, PEG5000 Monomethyl ether, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Liao, D.-I., (2000) Acta Crystallogr, D56, 1495. / PH range low: 6.5 / PH range high: 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→30 Å / Num. all: 105091 / Num. obs: 105091 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.9 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3394 / % possible all: 60.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1 Å / Num. measured all: 686847 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1 Å / % possible obs: 60.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1K49 without waters 解像度: 1→15 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT library
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.178 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.4 |