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- PDB-1k0g: THE CRYSTAL STRUCTURE OF AMINODEOXYCHORISMATE SYNTHASE FROM PHOSP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k0g
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF AMINODEOXYCHORISMATE SYNTHASE FROM PHOSPHATE GROWN CRYSTALS
要素p-aminobenzoate synthase component I
キーワードLYASE / AMINODEOXYCHORISMATE SYNTHASE / CHORISMATE / GLUTAMINE / TRYPTOPHAN / PABA SYNTHASE / P-AMINOBENZOATE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxychorismate synthase complex / aminodeoxychorismate synthase / tryptophan binding / 4-amino-4-deoxychorismate synthase activity / 4-aminobenzoate biosynthetic process / L-tryptophan biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / protein heterodimerization activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminodeoxychorismate synthase, component I / Anthranilate synthase component I, N-terminal / Anthranilate synthase component I, N terminal region / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / TRYPTOPHAN / Aminodeoxychorismate synthase component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Parsons, J.F. / Jensen, P.Y. / Pachikara, A.S. / Howard, A.J. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of Escherichia coli aminodeoxychorismate synthase: architectural conservation and diversity in chorismate-utilizing enzymes.
著者: Parsons, J.F. / Jensen, P.Y. / Pachikara, A.S. / Howard, A.J. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E.
履歴
登録2001年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p-aminobenzoate synthase component I
B: p-aminobenzoate synthase component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6436
ポリマ－102,0452
非ポリマー5984
水10,088560
1
A: p-aminobenzoate synthase component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3223
ポリマ－51,0221
非ポリマー2992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: p-aminobenzoate synthase component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3223
ポリマ－51,0221
非ポリマー2992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: p-aminobenzoate synthase component I
ヘテロ分子

B: p-aminobenzoate synthase component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6436
ポリマ－102,0452
非ポリマー5984
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
Buried area3840 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area32320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.010, 109.710, 134.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 p-aminobenzoate synthase component I / aminodeoxychorismate synthase component I / ADC SYNTHASE


分子量: 51022.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabB / プラスミド: pKPabB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P05041, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 1.6M Na/K Phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K (PROTEIN SOLUTION: 50mM MOPS pH 7 50mM KCL, 5mM MG CL2, 2 mM DTT, 40.2 MG/ML PROTEIN. WELL SOL 0.1 M NA ...詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 1.6M Na/K Phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K (PROTEIN SOLUTION: 50mM MOPS pH 7 50mM KCL, 5mM MG CL2, 2 mM DTT, 40.2 MG/ML PROTEIN. WELL SOL 0.1 M NA HEPES pH 7.5, 0.8 M NA PHOSPHATE, 0.8 M K PHOSPHATE)
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MOPS pH 711
2KCL11
3MG CL211
4DTT11
5NA HEPES pH 7.512
6NA PHOSPHATE12
7K PHOSPHATE12
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140.2 mg/mlprotein1drop
250 mMMOPS1droppH7.4
350 mM1dropKCl
45 mM1dropMgCl2
52 mMdithiothreitol1drop
60.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5
70.8 Msodium phophate1reservoir
80.8 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.0597 / 波長: 1.06 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.05971
21.061
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 348268 / Num. obs: 88221 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 348268
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
CNS精密化
MAR345データ収集
X-GENデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PABB GROWN IN FORMATE, PDB ENTRY 1K0E

1k0e


解像度: 2.05→10 Å / Num. parameters: 28923 / Num. restraintsaints: 27487 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 4290 5.3 %RANDOM
all0.1725 81089 --
obs0.1726 -86.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: METHOD USED : MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 7227
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6628 0 40 560 7228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.057
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0226
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.091
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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