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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k07 | ||||||
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タイトル | Native FEZ-1 metallo-beta-lactamase from Legionella gormanii | ||||||
![]() | FEZ-1 beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / monomer with alpha-beta/beta-alpha fold. Two monomers per assymmetric unit. | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Kahn, R. / Papamicael, C. / Frere, J.M. / Galleni, M. / Dideberg, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional Structure of FEZ-1, a Monomeric Subclass B3 Metallo-[beta]-lactamase from Fluoribacter gormanii, in Native Form and in Complex with -Captopril 著者: Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Papamicael, C. / Kahn, R. / Frere, J.M. / Galleni, M. / Rossolini, G.M. / Dideberg, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29316.463 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 20-282 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: blaFEZ-1 / プラスミド: pDML1810 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 514分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.010MM ZnCl2, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2001年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→25 Å / Num. all: 61458 / Num. obs: 61308 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 10.775 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rsym value: 0.021 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Num. unique all: 8838 / Rsym value: 0.037 / % possible all: 96.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 61458 / Num. measured all: 217456 / Rmerge(I) obs: 0.021 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.037 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JT1 解像度: 1.65→25 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: Refinement of double conformation of residues 221 and 255 in A and B chains (two monomers per assym/unit), double conformation of hetero-atoms 502A and 503B and two different positions for waters 127 and 178.
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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