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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jzw | ||||||
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タイトル | Arsenate Reductase + Sodium Arsenate From E. coli | ||||||
要素 | ARSENATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ArsC-Cys-12-thioarsenate / Reaction Product Of Arsenate Reductase With Arsenate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin) / arsenate reductase (glutaredoxin) activity / response to arsenic-containing substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / AB INITIO / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Martin, P. / DeMel, S. / Shi, J. / Gladysheva, T. / Gatti, D.L. / Rosen, B.P. / Edwards, B.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Insights into the structure, solvation, and mechanism of ArsC arsenate reductase, a novel arsenic detoxification enzyme. 著者: Martin, P. / DeMel, S. / Shi, J. / Gladysheva, T. / Gatti, D.L. / Rosen, B.P. / Edwards, B.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jzw.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jzw.ent.gz | 34 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jzw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jzw_validation.pdf.gz | 442.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jzw_full_validation.pdf.gz | 443.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jzw_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jzw_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15843.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08692 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO3 / | #4: 化合物 | ChemComp-CS / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 50% saturated Cesium Sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月7日 / 詳細: Osmic Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 26828 / Num. obs: 22762 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 31.74 % / Biso Wilson estimate: 20.094 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1067 / Rsym value: 0.1067 / Net I/σ(I): 21.232 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 8.02 % / Rmerge(I) obs: 0.3302 / Mean I/σ(I) obs: 8.51 / Num. unique all: 4354 / Rsym value: 0.3302 / % possible all: 40 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 722598 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.76→20 Å / Num. parameters: 5596 / Num. restraintsaints: 4714 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.015 Å / Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1330.07 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.88 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.163 / Rfactor Rfree: 0.192 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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