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万見
- PDB-1jyo: Structure of the Salmonella Virulence Effector SptP in Complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jyo
タイトルStructure of the Salmonella Virulence Effector SptP in Complex with its Secretion Chaperone SicP
要素
  • SicP
  • protein tyrosine phosphatase SptP
キーワードCHAPERONE / Salmonella / bacterial pathogenesis / infectious disease / virulence factor / type III secretion / unfolded / protein folding / SptP / SicP
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein secretion by the type III secretion system / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / GTPase activator activity / host cell cytoplasm / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
non globular Virulence effector SptP fold / non globular Virulence effector SptP domain / Chaperone protein SicP / Secreted effector protein SptP, N-terminal domain / SicP binding / Secreted effector protein SptP, N-terminal domain superfamily / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / Tir chaperone protein (CesT) family ...non globular Virulence effector SptP fold / non globular Virulence effector SptP domain / Chaperone protein SicP / Secreted effector protein SptP, N-terminal domain / SicP binding / Secreted effector protein SptP, N-terminal domain superfamily / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Yope Regulator; Chain: A, / : / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Few Secondary Structures / Irregular / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein SicP / Chaperone protein SicP / Secreted effector protein SptP
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stebbins, C.E. / Galan, J.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Maintenance of an unfolded polypeptide by a cognate chaperone in bacterial type III secretion.
著者: Stebbins, C.E. / Galan, J.E.
履歴
登録2001年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE An appropriate sequence database match was not available at the time of processing. The ...SEQUENCE An appropriate sequence database match was not available at the time of processing. The authors state that the gene that was originally reported to Genbank accession code 3283218 was short by 15 residues. There are two potential start sites for trasncription of this gene, and biochemical work convinced them that the protein requires the additional amino acids at the N-terminus to function optimally, and the other sequence is likely a truncation.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SicP
B: SicP
C: SicP
D: SicP
E: protein tyrosine phosphatase SptP
F: protein tyrosine phosphatase SptP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7636
ポリマ－81,7636
非ポリマー00
水11,331629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17790 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area32360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.489, 49.582, 138.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
SicP


分子量: 14457.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: pGEX-4T-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O85300, UniProt: P0CL16*PLUS
#2: タンパク質 protein tyrosine phosphatase SptP


分子量: 11966.853 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: pGEX-4T-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P74873
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M sodium chloride, 5-10% polyethylene glycol molecular weight 6000 (PEG6000), supplemented with 2mM DTT and 15% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
160 mg/mlprotein1drop
22 M1reservoirNaCl
35-10 %PEG60001reservoir
42 mMdithiothreitol1reservoir
515 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1.0051 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 75880 / Num. obs: 75880 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 74.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 452315 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.3 % / Rmerge(I) obs: 0.243

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.258 3800 random
Rwork0.224 --
all0.226 75880 -
obs0.226 75880 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5706 0 0 629 6335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 70014 / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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