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- PDB-1jy6: B4DIMERA: A DE NOVO DESIGNED FOUR-STRANDED BETA-SHEET ASSEMBLED U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jy6
タイトルB4DIMERA: A DE NOVO DESIGNED FOUR-STRANDED BETA-SHEET ASSEMBLED USING A DISULFIDE BOND
要素B4DIMER
キーワードDE NOVO PROTEIN / four-stranded beta-sheet / disulfide bond / de novo protein design
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Venkatraman, J. / Nagana Gowda, G.A. / Balaram, P.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Design and construction of an open multistranded beta-sheet polypeptide stabilized by a disulfide bridge.
著者: Venkatraman, J. / Nagana Gowda, G.A. / Balaram, P.
履歴
登録2001年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B4DIMER
B: B4DIMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8752
ポリマ－7,8752
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 400structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #2closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド B4DIMER


分子量: 3937.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide is chemically synthesized.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 1mM B4dimer, trimethylsilylpropionate, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: unbuffered / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 323 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
DYANA1.5Guentert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The nineteen structures were determined by NMR and torsion angle dynamics/simulated annealing methods. The peptide dimer was treated as a single entity and symmetry elements were not utilized ...詳細: The nineteen structures were determined by NMR and torsion angle dynamics/simulated annealing methods. The peptide dimer was treated as a single entity and symmetry elements were not utilized during structure calculations. The structures are based on a total of 276 NOE-derived restraints. The list of constraints is available in the file water_uppercons.txt. Structure calculations were performed with the program DYANA-1.5 (P. Guentert, C. Mumenthaler, K. Wuthrich, J. Mol. Biol.(1997)Vol.273, 283-298). No violation of distance constraints from NOEs exceeded 0.3Angstroms. The ensemble of structures is superimposed over the best-structured region encompasing residues V19-L34. Residues 1-11 were unstructured and their co-ordinates are not given. The average RMSDs between the superposed structures and the average structure are as follows: 1.04(chain A, residues 20-34, backbone atoms) 0.91(chain B, residues 20-34, backbone atoms).
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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