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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jxj | |||||||||
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タイトル | Role of mobile loop in the mechanism of human salivary amylase | |||||||||
![]() | Alpha-amylase, salivary | |||||||||
![]() | HYDROLASE / amylase / mutagenesis / catalysis / human / salivary / enzyme / mobile loop | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Digestion of dietary carbohydrate / oligosaccharide metabolic process / alpha-amylase / alpha-amylase activity / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ramasubbu, N. / Ragunath, C. / Wang, Z. / Mishra, P.J. / Thomas, L.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human salivary alpha-amylase Trp58 situated at subsite -2 is critical for enzyme activity. 著者: Ramasubbu, N. / Ragunath, C. / Mishra, P.J. / Thomas, L.M. / Kandra, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55882.203 Da / 分子数: 1 / 変異: W58L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04745, UniProt: P0DTE8*PLUS, alpha-amylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: MPD, calcium chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→65.94 Å / Num. all: 36288 / Num. obs: 34452 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.062 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS 冗長度: 3.8 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.281 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 1SMD 解像度: 1.99→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / SU B: 3.4 / SU ML: 0 / SU Rfree: 0.1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.987 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→65.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.216 |