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万見
- PDB-1jxh: 4-Amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine Phosphate Kinase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jxh
タイトル4-Amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine Phosphate Kinase from Salmonella typhimurium
要素PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
キーワードTRANSFERASE / thiD / ribokinase family / phophorylation / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphooxymethylpyrimidine kinase / hydroxymethylpyrimidine kinase / hydroxymethylpyrimidine kinase activity / phosphomethylpyrimidine kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase domain / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cheng, G. / Bennett, E.M. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine phosphate kinase from Salmonella typhimurium at 2.3 A resolution.
著者: Cheng, G. / Bennett, E.M. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2001年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
B: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9296
ポリマ－62,5452
非ポリマー3844
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.724, 77.724, 183.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE / HMP-PHOSPHATE KINASE


分子量: 31272.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: thiD / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55882, phosphooxymethylpyrimidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2144.43
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7magnesium sulfate, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7MgSO4, MES, 1,6-hexanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
16 mg/mlprotein1drop
21.35 M1reservoirMgSO4
30.15 MMES1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.909
シンクロトロンAPS 19-ID20.9795, 0.9793, 0.9537
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2000年6月22日Mirrors
CUSTOM-MADE2CCD1999年12月12日Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si CrystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9091
20.97951
30.97931
40.95371
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 38761 / Num. obs: 38761 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.3
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 25741 / % possible obs: 99.9 % / Num. measured all: 177754 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.272 2604 random
Rwork0.235 --
all-25741 -
obs-25741 -
原子変位パラメータBiso mean: 47.7103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.353 Å20 Å20 Å2
2---8.353 Å20 Å2
3---16.706 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3764 0 20 139 3923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0059
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water.param
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.235 / Rfactor Rfree: 0.275
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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