+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jxb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | I53A, a point mutant of the cysteine-free variant of E. coli Rnase HI | ||||||
![]() | Ribonuclease HI | ||||||
![]() | HYDROLASE / MIXED ALPHA/BETA / 4-HELIX BUNDLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Spudich, G. / Lorenz, S. / Marqusee, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Propagation of a single destabilizing mutation throughout the Escherichia coli ribonuclease HI native state. 著者: Spudich, G. / Lorenz, S. / Marqusee, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 32.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 373.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17484.725 Da / 分子数: 1 / 変異: I53A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.76 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月19日 |
放射 | モノクロメーター: SINGLE WAVELENGTH / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→25 Å / Num. all: 207864 / Num. obs: 34997 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 91.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.062 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→12.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % reflection Rfree: 11.07 % / Rfactor obs: 0.207 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |