+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jwx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chalcone Synthase--F215S mutant | ||||||
要素 | CHALCONE SYNTHASE 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / polyketide synthase / altered substrate specificity / ketoacyl synthase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chalcone biosynthetic process / : / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Noel, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Expanding the biosynthetic repertoire of plant type III polyketide synthases by altering starter molecule specificity. 著者: Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jwx.cif.gz | 95.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1jwx.ent.gz | 72.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jwx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jwx_validation.pdf.gz | 428.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1jwx_full_validation.pdf.gz | 432.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jwx_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jwx_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jwx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42727.184 Da / 分子数: 1 / 変異: F215S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ) 遺伝子: CHS2 / プラスミド: pHIS8 (modified pET28b) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P30074, chalcone synthase |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, PIPES, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ferrer, J.L., (1999) Nature Struct. Biol., 6, 775. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月11日 |
放射 | モノクロメーター: Pt coated / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→26 Å / Num. all: 43804 / Num. obs: 43804 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rsym value: 3.5 / Net I/σ(I): 27.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.67 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 2454 / Rsym value: 12.1 / % possible all: 81.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 26 Å / Num. measured all: 226775 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: wild-type CHS with Phe215 mutated to alanine 解像度: 1.63→26 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→26 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 26 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.2 / Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.19 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|