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万見
- PDB-1jw0: Structure of cephalosporin acylase in complex with glutarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jw0
タイトルStructure of cephalosporin acylase in complex with glutarate
要素
  • cephalosporin acylase alpha chain
  • cephalosporin acylase beta chain
キーワードHYDROLASE / cephalosporin acylase / glutarate / GLUTARYLL-7-ACA
機能・相同性
機能・相同性情報


glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase / glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase activity / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob ...Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTARIC ACID / Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevundimonas diminuta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, Y. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: CHEM.BIOL. / 年: 2001
タイトル: Structure of cephalosporin acylase in complex with glutaryl-7-aminocephalosporanic acid and glutarate: insight into the basis of its substrate specificity
著者: Kim, Y. / Hol, W.G.
履歴
登録2001年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cephalosporin acylase alpha chain
B: cephalosporin acylase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2913
ポリマ－76,1582
非ポリマー1321
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.709, 73.709, 381.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細HETERODIMER OF ONE ALPHA CHAIN AND ONE BETA CHAIN

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要素

#1: タンパク質 cephalosporin acylase alpha chain / glutaryl 7-aminocephalosporanic acid acylase


分子量: 17472.033 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 30-187 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5D6
#2: タンパク質 cephalosporin acylase beta chain / glutaryl 7-aminocephalosporanic acid acylase


分子量: 58686.363 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 199-718 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5D6
#3: 化合物 ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID / グルタル酸


分子量: 132.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG8000, MgAcetate, SodiumCacodylate, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1droppH7.0
3150 mM1dropNaCl
4200 mMglutarate1drop
520 %(w/v)PEG80001reservoir
610 mMdithiothreitol1reservoir
7200 mMmagnesium acetate1reservoir
8100 mMsodium cacodylate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.06296 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月24日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06296 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 37019 / Num. obs: 36332 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.42
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 95
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.1 % / Num. measured all: 156206 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.42

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1708 4.9 %random
Rwork0.188 ---
all0.19 34681 --
obs0.19 34681 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5299 0 9 416 5724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 3.5 % / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0055

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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