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万見
- PDB-1ju7: NMR Solution Structure of the RNA Hairpin Binding Site for the Hi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ju7
タイトルNMR Solution Structure of the RNA Hairpin Binding Site for the Histone Stem-loop Binding Protein
要素5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3'
キーワードRNA / hairpin / tetraloop / 3' stack
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者DeJong, E.S. / Marzluff, W.F. / Nikonowicz, E.P.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2002
タイトル: NMR structure and dynamics of the RNA-binding site for the histone mRNA stem-loop binding protein.
著者: DeJong, E.S. / Marzluff, W.F. / Nikonowicz, E.P.
履歴
登録2001年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9281
ポリマ－8,9281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 60structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #5closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*A)-3'


分子量: 8928.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally at the 3' end of the replication-dependent histone mRNAs of vertebrates. This sequence corresponds to the mouse H4-12 gene.
参照: GenBank: 51308

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
114NOESY
1213D 13C-separated NOESY
2323D 15N-separated NOESY
3433D 13C-separated NOESY
152DQF-COSY
164HETCOR
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using a variety of 2D and 3D homo- and hetero-nuclear NMR methods.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.3 mM U-13C; 20 mM KPi, 20 mM KCl, 0.02 mM EDTA, pH 6.8100% D2O
22.5 mM U-15N; 20 mM KPi, 20 mM KCl, 0.02 mM EDTA, pH 6.810% D2O, 90% H2O
32.0 mM U-13C,C5-2H; 20 mM KPi, 20 mM KCl, 0.02 mM EDTA, pH 6.8100% D2O
42.8 mM unlabeled 20 mM KPi, 20 mM KCl, 0.02 mM EDTA, pH 6.8100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM 6.8 ambient 301 K
2100 mM 6.8 ambient 280 K
3100 mM 6.8 ambient 301 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix980MSI-Biosym解析
X-PLOR3.851Brunger, A.精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Calculations were performed using 232 conformationally restrictive NOE derived distance constraints and 55 backbone and 15 ribose torsion angle constraints. Base pair constraints were ...詳細: Calculations were performed using 232 conformationally restrictive NOE derived distance constraints and 55 backbone and 15 ribose torsion angle constraints. Base pair constraints were introduced for six base pairs using heavy atom-heavy atom constraints. Coordinates are for the hairpin domain only. 5' flanking (ggccaaa) and 3' flanking (accca) coordinates are not included with this deposition. Few constraints were obtained for these very dynamic regions and although they were included as part of the structure calculation, their conformations appear to be randomly distributed.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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