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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jtf | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of VP39-F180W mutant and m7GpppG complex | |||||||||
![]() | VP39 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / VP39 / mRNA Cap-binding protein / methyltransferase / mutant | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / translation elongation factor activity / virion component / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hu, G. / Oguro, A. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The "cap-binding slot" of an mRNA cap-binding protein: quantitative effects of aromatic side chain choice in the double-stacking sandwich with cap. 著者: Hu, G. / Oguro, A. / Li, C. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35960.473 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-307 / 変異: F180W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Orthopoxvirus / プラスミド: pPG177 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 化合物 | ChemComp-M7G / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 8000, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Hodel, A.E., (1996) Cell(Cambridge,Mass.), 85, 247. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月13日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 22968 / Num. obs: 21940 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.61→2.74 Å / % possible all: 50 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.107 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.61→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.008
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.273 / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.258 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.27 |