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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jrv | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF DAATAA DNA BULGE | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA / DNA BULGE / FIVE-NUCLEOTIDE BULGE LOOP / DEOXYRIBONUCLEIC ACID | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / matrix relaxation (MARDIGRAS); torsion angle dynamics (DYANA); ENERGY MINIMIZATION (AMBER) | ||||||
データ登録者 | Gollmick, F.A. / Lorenz, M. / Dornberger, U. / von Langen, J. / Diekmann, S. / Fritzsche, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2002 タイトル: Solution structure of dAATAA and dAAUAA DNA bulges. 著者: Gollmick, F.A. / Lorenz, M. / Dornberger, U. / von Langen, J. / Diekmann, S. / Fritzsche, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jrv.cif.gz | 272.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jrv.ent.gz | 222.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jrv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jrv_validation.pdf.gz | 321.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jrv_full_validation.pdf.gz | 461.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jrv_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jrv_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/1jrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/1jrv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5220.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and heteronuclear techniques |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: matrix relaxation (MARDIGRAS); torsion angle dynamics (DYANA); ENERGY MINIMIZATION (AMBER) ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 906 restraints, 645 are NOE-derived distance constraints, 235 dihedral angle restraints, 26 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |