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- PDB-1jri: The Crystal Structure of an Sm-like Archaeal Protein with Two Hep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jri
タイトルThe Crystal Structure of an Sm-like Archaeal Protein with Two Heptamers in the Asymmetric Unit.
要素Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / heptameric / 35-stranded beta toroid
機能・相同性
機能・相同性情報


Sm-like protein family complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. ...snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mura, C. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: The oligomerization and ligand-binding properties of Sm-like archaeal proteins (SmAPs)
著者: Mura, C. / Kozhukhovsky, A. / Gingery, M. / Phillips, M. / Eisenberg, D.
履歴
登録2001年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年7月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_biol ...refine / struct_biol / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
B: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
C: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
D: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
E: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
F: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
G: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
H: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
I: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
J: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
K: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
L: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
M: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
N: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,95430
ポリマ－133,04114
非ポリマー91316
水1,54986
1
A: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
B: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
C: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
D: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
E: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
F: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
G: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,90214
ポリマ－66,5207
非ポリマー3817
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12280 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
2
H: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
I: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
J: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
K: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
L: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
M: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
N: Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,05216
ポリマ－66,5207
非ポリマー5329
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12410 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.371, 114.698, 238.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit of the P212121 lattice contains two copies of the biologically significant assembly (a heptamer), the tangential rings being roughly coplanar (~15 degrees deviation).

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要素

#1: タンパク質
Sm-like Archaeal Protein 1 (SmAP1) / PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量: 9502.921 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: Mth0649 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26745
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 292.8 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 10% v/v isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19.8K
結晶化
*PLUS
pH: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
142 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.8
35 mMEDTA1droppH8.0
40.1 M1dropNaCl
50.1 MTris1reservoirpH8.50
610 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月1日 / 詳細: fine-focussing mirrors
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 28487 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2645 / % possible all: 92.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. measured all: 329838
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JBM

1jbm


解像度: 2.8→14.95 Å
Isotropic thermal model: restrained isotropic temperature factors
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1319 -RANDOM 5% of data over entire data range (100-2.8 A)
Rwork0.199 ---
all-26759 --
obs-26759 94.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8085 0 55 86 8226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 --
Rwork0.28 --
obs-3936 0.901 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.29
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 52.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.375 / Rfactor Rwork: 0.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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