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- PDB-1jr5: Solution Structure of the Anti-Sigma Factor AsiA Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jr5
タイトルSolution Structure of the Anti-Sigma Factor AsiA Homodimer
要素10 KDA Anti-Sigma Factor
キーワードTRANSCRIPTION / All-alpha / Helix-Turn-Helix / Coiled-Coil
機能・相同性Anti-sigma factor AsiA / Anti-Sigma Factor A / Anti-Sigma Factor A / Anti-Sigma Factor A superfamily / Anti-Sigma Factor A / regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 10 kDa anti-sigma factor
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle, cartesian dynamics
データ登録者Urbauer, J.L. / Simeonov, M.F. / Bieber Urbauer, R.J. / Adelman, K. / Gilmore, J.M. / Brody, E.N.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Solution structure and stability of the anti-sigma factor AsiA: implications for novel functions.
著者: Urbauer, J.L. / Simeonov, M.F. / Urbauer, R.J. / Adelman, K. / Gilmore, J.M. / Brody, E.N.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Conserved Regions 4.1 and 4.2 of Sigma(70) Constitute the Recognition Sites for the Anti-Sigma Factor AsiA, and AsiA is a Dimer Free in Solution
著者: Urbauer, J.L. / Adelman, K. / Bieber Urbauer, R.J. / Simeonov, M.F. / Gilmore, J.M. / Zolkiewski, M. / Brody, E.N.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: Main-chain NMR assignments for AsiA
著者: Urbauer, J.L. / Adelman, K. / Brody, E.N.
履歴
登録2001年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 10 KDA Anti-Sigma Factor
B: 10 KDA Anti-Sigma Factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2082
ポリマ－21,2082
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 10 KDA Anti-Sigma Factor / Audrey Stevens' Inhibitor


分子量: 10604.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: asiA / プラスミド: pET24b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32267

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
232HNHA
3433D 13C F1-filtered F3-edited NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM AsiA U-13C, 15N; 50 mM d4-acetate, 50 mM KCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM AsiA U-15N; 50 mM d4-acetate, 50 mM KCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM U-13C, 15N and 1.0 mM unlabeled; 50 mM d4-acetate, 50 mM KCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM d4-acetate, 50 mM KCl 6.3ambient 298 K
250 mM d4-acetate, 50 mM KCl 6.3ambient 298 K
350 mM d4-acetate, 50 mM KCl 6.3ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian Inc.collection
Felix2000Molecular Simulations解析
Felix2000Molecular Simulationsデータ解析
CNS1Brunger et al構造決定
CNS1Brunger et al精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle, cartesian dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: 2061 total NOE-based distance restraints including 34 hydrogen bond restraints and 36 intermolecular restraints, 153 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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