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- PDB-1jn1: Structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jn1
タイトルStructure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Haemophilus influenzae (HI0671)
要素2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / unknown function / 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2 / 4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE / MECPS / isoprenoid biosynthesis / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lehmann, C. / Lim, K. / Toedt, J. / Krajewski, W. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Structure of 2C-methyl-D-erythrol-2,4-cyclodiphosphate synthase from Haemophilus influenzae: activation by conformational transition.
著者: Lehmann, C. / Lim, K. / Toedt, J. / Krajewski, W. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Isoprenoid biosynthesis: The evolution of two ancient and distinct pathways across genomes
著者: Lange, B.M. / Rujan, T. / Martin, W. / Croteau, R.
履歴
登録2001年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
B: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
C: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9828
ポリマ－51,6503
非ポリマー3325
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
2
A: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
B: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
C: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
B: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
C: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
B: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
C: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
B: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
C: 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,92732
ポリマ－206,60012
非ポリマー1,32720
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
Buried area48730 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area59210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.3, 112.3, 187.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The protein is a trimer in solution. The asymmetric unit contains the homotrimer / A tetramer of trimers is formed in the crystal. The biological significance is unknown. To form a tetramer of trimers, use the following: X,Y,Z; 1-Y,1-X,1-Z; 1-X,1-Y,Z; Y,X,1-Z

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要素

#1: タンパク質 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE / MECPS


分子量: 17216.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: ISPF / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P44815
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% sat. ammonium sulfate, 0.1 MES, 15 mM CoCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.7 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.5
31 mM1reservoirCoCl2
415 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月30日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled Si(111) double-crystal system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 13670 / Num. obs: 13670 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.294 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 29 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 399292 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 9.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: structure from MIR data in P6(3) space group

解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: engh & huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 1076 random
Rwork0.198 --
all-13331 -
obs-12725 -
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3594 0 9 0 3603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.294
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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