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万見
- PDB-1jm4: NMR Structure of P/CAF Bromodomain in Complex with HIV-1 Tat Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jm4
タイトルNMR Structure of P/CAF Bromodomain in Complex with HIV-1 Tat Peptide
要素
  • HIV-1 Tat Peptide
  • P300/CBP-associated Factor
キーワードTRANSFERASE / Bromodomain / Protein-peptide Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral gene expression / trans-activation response element binding / regulation of protein ADP-ribosylation / regulatory region RNA binding / negative regulation of cellular respiration / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / negative regulation of rRNA processing / positive regulation of viral transcription / histone H3K9 acetyltransferase activity / diamine N-acetyltransferase ...viral gene expression / trans-activation response element binding / regulation of protein ADP-ribosylation / regulatory region RNA binding / negative regulation of cellular respiration / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / negative regulation of rRNA processing / positive regulation of viral transcription / histone H3K9 acetyltransferase activity / diamine N-acetyltransferase / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / diamine N-acetyltransferase activity / negative regulation of centriole replication / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / Physiological factors / peptidyl-lysine acetylation / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / actomyosin / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H3 acetyltransferase activity / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / membrane hyperpolarization / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / ATAC complex / actinin binding / I band / cellular response to parathyroid hormone stimulus / SAGA complex / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / limb development / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / A band / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone acetyltransferase binding / protein acetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / regulation of cell division / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of RNA splicing / regulation of embryonic development / RNA-binding transcription regulator activity / regulation of DNA repair / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycolytic process / cyclin binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / mitotic spindle / Metalloprotease DUBs / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / kinetochore / memory / positive regulation of neuron projection development / Pre-NOTCH Transcription and Translation / histone deacetylase binding / cellular response to insulin stimulus / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / positive regulation of protein localization to nucleus / vasodilation / rhythmic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / heart development / HATs acetylate histones / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / virus-mediated perturbation of host defense response / centrosome / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat) / PCAF, N-terminal / Histone acetyltransferase GCN5/PCAF / PCAF (P300/CBP-associated factor) N-terminal domain / Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain ...Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat) / PCAF, N-terminal / Histone acetyltransferase GCN5/PCAF / PCAF (P300/CBP-associated factor) N-terminal domain / Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Tat / Histone acetyltransferase KAT2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Distance Geometry, Simulated Annealing
データ登録者Mujtaba, S. / He, Y. / Zeng, L. / Farooq, A. / Carlson, J.E. / Ott, M. / Verdin, E. / Zhou, M.-M.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Structural basis of lysine-acetylated HIV-1 Tat recognition by PCAF bromodomain
著者: Mujtaba, S. / He, Y. / Zeng, L. / Farooq, A. / Carlson, J.E. / Ott, M. / Verdin, E. / Zhou, M.-M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure and Ligand of a Histone Acetyltransferase Bromodomain
著者: Dhalluin, C. / Carlson, J.E. / Zeng, L. / He, C. / Aggarwal, A.K. / Zhou, M.-M.
履歴
登録2001年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 Tat Peptide
B: P300/CBP-associated Factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5372
ポリマ－15,5372
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100Back Calculated Data Agree with Experimental NOESY Spectrum, Structures with Acceptable Covalent Geometry, Structures with Favorable Non-bond Energy, Structures with the Least Restraint Violations, Structures with the Lowest Energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド HIV-1 Tat Peptide


分子量: 1484.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The Peptide was Chemically Synthesized. / 参照: UniProt: P04610*PLUS
#2: タンパク質 P300/CBP-associated Factor / P/CAF


分子量: 14052.226 Da / 分子数: 1 / Fragment: Bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92831

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
2223D 15N-separated NOESY
1313D 13C-filtered NOESY
2423D 13C/15N-filtered NOESY
1512D ROESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM Bromodomain (U-15N)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA90% H2O/10% D2O
20.5 mM Bromodomain (U-13C,15N)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA99.5% D2O
30.5 mM Bromodomain (U-13C,15N, 75%-2H)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: Ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3Frank Delaglio解析
NMRView3.5Bruce Johbsonデータ解析
X-PLOR/ARIA2Michael Nilges構造決定
X-PLOR 3.851Brunger精密化
精密化手法: Distance Geometry, Simulated Annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE ARIA/X-PLOR PLATFORM HAS BEEN USED FOR THE NOE ASSIGNMENT
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Back Calculated Data Agree with Experimental NOESY Spectrum, Structures with Acceptable Covalent Geometry, Structures with Favorable Non-bond Energy, Structures ...コンフォーマー選択の基準: Back Calculated Data Agree with Experimental NOESY Spectrum, Structures with Acceptable Covalent Geometry, Structures with Favorable Non-bond Energy, Structures with the Least Restraint Violations, Structures with the Lowest Energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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