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- PDB-1jli: HUMAN INTERLEUKIN 3 (IL-3) MUTANT WITH TRUNCATION AT BOTH N-AND C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jli
タイトルHUMAN INTERLEUKIN 3 (IL-3) MUTANT WITH TRUNCATION AT BOTH N-AND C-TERMINI AND 14 RESIDUE CHANGES, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素INTERLEUKIN 3
キーワードCYTOKINE / HEMATOPOIETIC GROWTH FACTOR / COLONY-STIMULATING FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-3 receptor binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / interleukin-3-mediated signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway via STAT / embryonic hemopoiesis / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / cytokine activity / growth factor activity / cell-cell signaling ...interleukin-3 receptor binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / interleukin-3-mediated signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway via STAT / embryonic hemopoiesis / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / cytokine activity / growth factor activity / cell-cell signaling / nervous system development / RAF/MAP kinase cascade / immune response / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-3 / Interleukin-3 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Feng, Y. / Klein, B.K. / Mcwherter, C.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Three-dimensional solution structure and backbone dynamics of a variant of human interleukin-3.
著者: Feng, Y. / Klein, B.K. / McWherter, C.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: 1H, 13C, and 15N NMR Resonance Assignments, Secondary Structure, and Backbone Topology of a Variant of Human Interleukin-3
著者: Feng, Y. / Klein, B.K. / Vu, L. / Aykent, S. / Mcwherter, C.A.
履歴
登録1995年12月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8451
ポリマ－12,8451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN 3 / MULTI-CSF


分子量: 12844.856 Da / 分子数: 1
変異: DEL(1-13), V14A, N18I, T25H, Q29R, L32N, F37P, G42S, Q45M, N51R, R55T, E59L, N62V, S67H, Q69E, DEL(126-133)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PMON 13302 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P08700
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: AS IN X-PLOR PARALLHDG.PRO STRUCTURES WERE CALCULATED USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN X-PLOR. INPUT CONSTRAINTS ARE AS FOLLOWS: 1659 NUCLEAR OVERHAUSER ENHANCEMENT (NOE) (799 INTRA- ...詳細: AS IN X-PLOR PARALLHDG.PRO STRUCTURES WERE CALCULATED USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN X-PLOR. INPUT CONSTRAINTS ARE AS FOLLOWS: 1659 NUCLEAR OVERHAUSER ENHANCEMENT (NOE) (799 INTRA-RESIDUE; 342 SEQUENTIAL (I-J =1); 236 MEDIUM-RANGE INTERRESIDUE (<1 I-J <=5); 282 LONG-RANGE INTERRESIDUE (I-J >5)); 38 PAIRS OF HYDROGEN-BOND RESTRAINTS; 76 PHI TORSION ANGLE RESTRAINTS. PSEUDOATOM POSITIONS WERE USED FOR CONSTRAINTS INVOLVING METHYLENE, AROMATIC, AND METHYL PROTONS. THE COORDINATES DEPOSITED HERE ARE OBTAINED BY AVERAGING 25 CONVERGED STRUCTURES PRIOR TO A RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION. A COMPARISON OF THE FAMILY OF THE 25 STRUCTURES WITH THE AVERAGED STRUCTURE GIVES RMSD VALUES OF 0.88 ANGSTROMS FOR ALL (N,CA,C') EXCEPT RESIDUES 28 - 39, AND 0.41 ANGSTROMS FOR (N,CA,C') OF HELICAL REGIONS (RESIDUES 16 - 26, 42 - 49, 54 - 67, 72 - 84, AND 104 - 122).
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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