+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jkc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HUMAN LYSOZYME MUTANT WITH TRP 109 REPLACED BY PHE | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | LYSOZYME / HYDROLASE / MURAMIDASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / metabolic process / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism ...antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / metabolic process / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muraki, M. / Harata, K. / Goda, S. / Nagahora, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Importance of van der Waals contact between Glu 35 and Trp 109 to the catalytic action of human lysozyme. 著者: Muraki, M. / Goda, S. / Nagahora, H. / Harata, K. #1: ![]() タイトル: The Roles of Conserved Aromatic Amino-Acid Residues in the Active Site of Human Lysozyme: A Site-Specific Mutagenesis Study 著者: Muraki, M. / Morikawa, M. / Jigami, Y. / Tanaka, H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 26.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 420.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14681.658 Da / 分子数: 1 / 変異: W109F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子 (発現宿主): A SYNTHETIC GENE OF HUMAN LYSOZYME WITH A MUTATION OF W109F 発現宿主: ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: 5 M NH4NO3 IN 20 MM NA ACETATE (PH4.5) | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Muraki, M.,(1996) Biochemistry, 35, 13562. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→14.8 Å / Num. obs: 14328 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 73731 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1LZ1 解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 3
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|