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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ji2 | ||||||
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タイトル | Improved X-ray Structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-Amylase 2 | ||||||
要素 | ALPHA-AMYLASE II | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / BETA/ALPHA BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kamitori, S. / Abe, A. / Ohtaki, A. / Kaji, A. / Tonozuka, T. / Sakano, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal structures and structural comparison of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 1 (TVAI) at 1.6 A resolution and alpha-amylase 2 (TVAII) at 2.3 A resolution. 著者: Kamitori, S. / Abe, A. / Ohtaki, A. / Kaji, A. / Tonozuka, T. / Sakano, Y. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVAII) hydrolyzing cyclodextrins and pullulan at 2.6 A resolution 著者: Kamitori, S. / Kondo, S. / Okuyama, K. / Yokota, T. / Shimura, Y. / Tonozuka, T. / Sakano, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ji2.cif.gz | 261.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ji2.ent.gz | 209.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ji2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1ji2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1ji2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67554.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 株: R-47 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08751, ネオプルラナーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: PEG6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Kamitori, S., (1995) J.Struct.Biol., 114, 229. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→37.05 Å / Num. all: 66868 / Num. obs: 66868 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 37 Å / Num. measured all: 362110 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→37.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 4403550.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.42 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 37 Å / Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.199 / Rfactor obs: 0.199 |