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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jhi | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution Structure of a Hedamycin-DNA complex | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Duplex DNA / HEDAMYCIN | 機能・相同性 | HEDAMYCIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / Full relaxation matrix refinement Restrained Molecular Dynamics Torsion Angle dynamics | データ登録者 | Owen, E.A. / Burley, G.A. / Carver, J.A. / Wickham, G. / Keniry, M.A. | 引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2002 | タイトル: Structural investigation of the hedamycin:d(ACCGGT)2 complex by NMR and restrained molecular dynamics. 著者: Owen, E.A. / Burley, G.A. / Carver, J.A. / Wickham, G. / Keniry, M.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jhi.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jhi.ent.gz | 80.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jhi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jhi_validation.pdf.gz | 422.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jhi_full_validation.pdf.gz | 505.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jhi_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jhi_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jhi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Hedamycin-DNA #2: 化合物 | ChemComp-HEH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The data was collected and processed using standard 2D homonuclear techniques |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 0.05 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 288 K | |||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Full relaxation matrix refinement Restrained Molecular Dynamics Torsion Angle dynamics ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: The 10 structures submitted are those with the lowest energy,and agree best with the NMR data. 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |