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万見
- PDB-1jh5: Crystal Structure of sTALL-1 of TNF family ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jh5
タイトルCrystal Structure of sTALL-1 of TNF family ligand
要素TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTITUMOR PROTEIN / TALL-1 / BLYS / THANK / BAFF
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation ...B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / T cell costimulation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / receptor ligand activity / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, Y. / Xu, L. / Opalka, N. / Shu, H.-B. / Zhang, G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of sTALL-1 reveals a virus-like assembly of TNF family ligands.
著者: Liu, Y. / Xu, L. / Opalka, N. / Kappler, J. / Shu, H.B. / Zhang, G.
履歴
登録2001年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年3月4日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_biol
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
B: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
C: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
D: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
E: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
F: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
G: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
H: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
I: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
J: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,44610
ポリマ－162,44610
非ポリマー00
水00
1
A: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
B: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
C: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
D: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
E: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
F: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
G: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
H: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
I: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
J: TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)974,67660
ポリマ－974,67660
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
Buried area171710 Å2
ΔGint-582 kcal/mol
Surface area291860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.242, 234.242, 212.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質
TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 13B / TNF family ligand / TNF-AND APOL-RELATED LEUKOCYTE EXPRESSED LIGAND 1 / TALL-1 / B LYMPHOCYTE ...TNF family ligand / TNF-AND APOL-RELATED LEUKOCYTE EXPRESSED LIGAND 1 / TALL-1 / B LYMPHOCYTE STIMULATOR / BLYS / B CELL-ACTIVATING FACTOR / tumor necrosis factor (ligand) superfamily / member 13b


分子量: 16244.602 Da / 分子数: 10 / 断片: sTALL-1, soluble part of TALL-1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y275

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 35% dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
25 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
350 mMBicine1reservoirpH9.0
4150 mM1reservoirNaCl
535-38 %dioxane1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 69018 / Num. obs: 66001 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 12
反射
*PLUS
Num. measured all: 334821

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 172269.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2771 5.1 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.236 54509 79.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å25.87 Å20 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11430 0 0 0 11430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 275 5 %
Rwork0.331 5219 -
obs--48.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 51752 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.344 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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